Поляков к ю программирование python c скачать

ФИЛЬМ

Поваренная книга PmagPy

6 апреля 2020 года

Уважаемый Читатель,

Эта документация обновлена по сравнению с документацией, приведенной в книге Tauxe et al. (2010) Эта кулинарная книга была разработана как сопутствующий веб-сайт к книге Essentials of Paleomagnetism, 5-е веб-издание. Ссылки на главы. Относящиеся к этой сопутствующей книге. Таковы, например. “Essentials Chapter 1”.

Есть много шеф-поваров. Которые внесли свой вклад в эту работу. В частности. Команда MagIC Database (Кэти Констебль. Энтони Копперс. Руперт Миннетт. Ник Джарбо. Рон Шаар и Лори Джонестраск). Ник Свенсон-Хайселл (UC Berkeley) внес свой вклад в документацию demag_gui и Jupyter notebook. Проект PmagPy поддерживается грантами Национального научного фонда.

Пользователи PmagPy должны ссылаться на статью открытого доступа:

Tauxe, L., R. Shaar. L. Jonestrak. N. L. Swanson-Hysell. R. Minnett. A. A. P. Koppers. C. G. Constable, N. Jarboe. K. Gaastra и L. Fairchild (2016), PmagPy: Программный пакет для анализа палеомагнитных данных и мост к базе данных Magnetics Information Consortium (MagIC), Geochem. Геофизика. Geosyst., 17, doi:10.1002/2016GC006307.

Лиза Таукс и Лори Джонестраск
Институт океанографии имени Скриппса
Ла-Хойя. Калифорния 92093
6 апреля 2020
года http://magician.ucsd.edu/

У вас есть три варианта загрузки и использования PmagPy.

  • Если вы хотите использовать только графические интерфейсы пользователя (GUI). Вы можете загрузить их как автономные программы. Автономная установка не требует наличия Python. Но она более ограничена. Чем полная установка PmagPy.

Если вам нужна полная функциональность PmagPy. У вас есть два варианта:

1.1 Автономная загрузка графического интерфейса

Если вам не нужна полная функциональность PmagPy. И вы хотите использовать только Pmag GUI, MagIC GUI. Thellier GUI и Demag GUI. Теперь для вас есть автономная загрузка. Вам не нужно будет устанавливать Python для этого.

1.1.1 Автономная загрузка OSX

Вы найдете последнюю версию автономной загрузки OS X здесь: https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-OSX/releases/latest

1.1.2 Автономная загрузка Windows

Вы найдете последнюю автономную загрузку Windows здесь: https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-Windows/releases/latest

1.1.3 Автономная загрузка Linux

Этот двоичный файл был протестирован только в дистрибутиве Ubuntu 14.04 (надежный) и может быть глючным в других дистрибутивах.

Вы найдете последнюю версию автономной загрузки Linux: https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-Linux/releases/latest

1.2 Полная установка и обновление PmagPy

Если вы ранее загрузили Canopy Python. Вам нужно будет удалить его. Следуя этим инструкциям.

Затем выберите. Хотите ли вы установить установку разработчика или установку по умолчанию (pip). Если вы хотите разобраться в мельчайших деталях кода. Вам следует выполнить установку разработчика. Однако установка разработчика может быть более сложной. Если вы просто хотите использовать PmagPy из коробки. Выполните обычную установку pip. *Примечание*: вы не можете иметь как установку разработчика. Так и установку pip. Если вы хотите выполнить установку разработчика, убедитесь. Что сначала удалите pmagpy/pmagpy-cli. Если вы их уже установили.

Затем выберите инструкции по установке. Основанные на предпочтительном способе установки (pip/developer) и операционной системе (OSX/Windows/Linux).

OSX pip

Windows pip

Linux pip

Разработчик OSX

Разработчик Windows

Разработчик Linux

1.3 Установка справки

Ознакомьтесь с нашими рекомендациями о том, как внести свой вклад в PmagPy. Чтобы получить информацию о том. Как поднимать проблемы. Запрашивать функции и делать запросы на вытягивание.

1.3.1 Подробная информация о настройке ПУТИ

Вот подробности того. Что на самом деле делает сценарий установки разработчика. Для OS X и Linux он добавляет эти строки редактирования $PATH в ваш файл .bashrc (в OS X Catalina вам может понадобиться использовать вместо этого файл .zshrc, см. Дополнительную информацию ниже):

export PATH=/Users/***/Desktop/PmagPy/programs:$PATH
export PATH=/Users/***/Desktop/PmagPy/programs/conversion_scripts:$PATH

И эта строка к вашему $PYTHONPATH к вашему файлу .bashrc:

экспорт PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/Users/***/Desktop/PmagPy/

где *** — ваше имя пользователя. (Конечно. Эти строки будут зависеть от того. Где именно вы разместили свою папку PmagPy – если она находится в вашем домашнем каталоге. Ваш ПУТЬ $будет указывать туда:

путь ЭКСПОРТА=/Users/***/PmagPy/программы

Если вы используете Z shell вместо bash (который является новым значением по умолчанию для Mac. Начиная с OSX Catalina). Вам нужно будет вручную добавить те же строки $PATH и $PYTHONPATH в .zshrc вместо .bashrc. Вы можете определить. Какую оболочку вы используете. Посмотрев на текст в верхней части окна терминала. Например, см. Ниже Я использую bash:

ФИЛЬМ

Для Windows $PATH и $PYTHONPATH будут установлены в панели управления (переменные среды).

В Windows 10 это делается путем открытия Панели управления Система и безопасность Система Расширенные настройки системы Переменные среды. Подробности здесь. Кроме того, просто найдите “переменные среды” в строке поиска Windows 10 выберите “Редактировать системные переменные среды”.

Чтобы внести необходимые изменения. Вы сначала добавите к существующей переменной PATH или создадите новую переменную PATH со следующими значениями:

C:\Users\***\Desktop\PmagPy\programs\conversion_scripts

и

C:\Users\***\Desktop\PmagPy\programs\conversion_scripts

Затем добавьте к существующей переменной PYTHONPATH или создайте новую переменную PYTHONPATH с:

C:\Users\***\Рабочий стол\PmagPy

Важно: вам нужно будет изменить вышеуказанные пути на основе *вашего* имени пользователя и местоположения. В которое *вы* поместили папку PmagPy.

Итак, если мое имя пользователя limatango и я помещаю PmagPy в папку загрузок. Мой путь будет выглядеть следующим образом:

C:\Users\limatango\Downloads\PmagPy

и так далее.

1.3.2 Общие проблемы установки

  • Убедитесь. Что у вас есть правильная версия Python. Если вы запустите команду “python”. То увидите следующее сообщение:

     
    Python 3.7.0 (по умолчанию, июнь 28 2018, 07:39:16)
    [Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] :: Anaconda, Inc. по Дарвину
    типа
    >>>

    (Нажмите control-D для выхода)

    Если у вас есть Python 2.7 или не Anaconda Python. Вам нужно будет вернуться и установить Anaconda Python.

    Если вы установили Canopy Python в любой момент, убедитесь. Что вы сначала удалили его.

  • Если вы попытаетесь запустить программу PmagPy и получите ImportError. То, вероятно. Вам не хватает необходимого пакета. Вернитесь назад и установите все необходимые. Не стандартные пакеты. Если ImportError предназначен для пакета PmagPy. Вернитесь назад и убедитесь. Что вы установили pmagpy и pmagpy-cli через pip или dev_setup.py.
  • Если вы пытаетесь запустить программы PmagPy и столкнулись с проблемой python vs pythonw. Вам может потребоваться связать ваш python с pythonw:

     
    ln -s ~/anaconda3/bin/python3 ~/anaconda3/bin/pythonw
     
        

Дополнительные сведения см. в разделе Устранение неполадок.

1.3.3 Специфичные для ОС различия

Мы стараемся поддерживать все платформы. Но есть некоторые причуды. Которые повлияют на то. Как вы вызываете программы PmagPy в зависимости от вашей платформы. Для пользователей OSX с установкой pip вы будете вызывать GUI со специальным синтаксисом:

pmag_gui_anaconda

Для всех платформ с установкой разработчика:

pmag_gui.py

Для пользователей Windows с установкой pip:

pmag_gui

Если вы видите такое сообщение об ошибке:

Эта программа нуждается в доступе к экрану.
Пожалуйста, запускайте программу с фреймворковой сборкой python и только тогда. Когда вы
вошли в систему на главном дисплее вашего Mac.

вам нужно использовать “pmag_gui_anaconda”

Если вы видите такое сообщение об ошибке:

-bash: pmag_gui: команда не найдена

Вы либо используете неправильную команду для своей операционной системы. Либо еще не полностью установили PmagPy.

1.4 Быстрый старт с помощью ноутбуков PmagPy

После установки PmagPyможет потребоваться запустить примеры ноутбуков.

Вы можете скопировать примеры data_files и запустить записные книжки PmagPy из командной строки следующим образом:

cd Desktop
move_data_files.py
cd PmagPy-data
jupyter notebook

Последняя команда (jupyter notebook) откроет окно браузера. И вы можете нажать на блокнот. Который хотите запустить (мы рекомендуем начать с PmagPy_introduction.ipynb).

**Примечание**: Вы только должны сделать move_data_files.py команда выполняется один раз после первоначальной установки. А затем один раз после каждого обновления. Вы должны сделать копию любой записной книжки (см. меню Файл). Если вы хотите внести какие-либо изменения. Поскольку каждое обновление будет перезаписывать стандартные записные книжки.

1.5 Следующие шаги

Куда ты хочешь пойти отсюда?

Программный пакет PmagPy представляет собой полный набор программ для палеомагнетиков и магнетистов горных пород. Для установки следуйте инструкциям. Приведенным в главе Установка PmagPy этой кулинарной книги.

Некоторые из ключевых программ для импорта и интерпретации палеомагнитных и горных магнитных данных упакованы вместе в программу под названием Pmag GUI.

Вот список того. Что может сделать PmagPy.

Расчеты:

  • aarm_magic : вычисление тензоров AARM
  • atrm_magic : вычисление тензоров ATRM
  • угол : вычисляет угол между двумя векторами

  • apwp : возвращает предсказанные палеолитические широты. Направления и широту/долготу полюса от видимых полярных блуждающих путей Бесса и Куртийо (2002).
  • b_vdm : преобразует широту B (в микроТ) и (магнитную) в широту V(A)DM (см. vdm_b)
  • bootams : вычисляет статистику начальной загрузки для тензорных данных
  • cart_dir : преобразует декартовы координаты (x,y,z) в склонение. Наклон. Интенсивность (см.

    dir_cart)

  • di_eq : отображение склонения. Уклонов к X,Y для построения графиков в проекциях равной площади
  • di_geo : вращает склонение. Наклон в координатах образца к географическим координатам
  • di_rot : вращает направления в системе координат с центром D,I
  • di_tilt : поворот направления в стратиграфические координаты
  • di_vgp : преобразует направление в виртуальный геомагнитный полюс (см. vgp_di)
  • dia_vgp : преобразует направление и альфа-95 в Виртуальный геомагнитный полюс и dp,dm
  • dipole_pinc : вычисляет наклон с учетом широты. Предполагая геоцентрический осевой диполь
  • dipole_plat : вычисляет широту заданного наклона. Предполагая геоцентрический осевой диполь
  • dir_cart : преобразует склонение. Наклон. Интенсивность в декартовы координаты (см. cart_dir)
  • eigs_s : преобразует собственные парамет-ры в эквивалентный тензор 6 элементов (см. s_eigs)
  • eq_di : берет X,Y из проекции равной площади (например. Из оцифрованных координат) и преобразует в склонение. Наклон
  • fcalc : возвращает значение из таблицы F с учетом степеней свободы.
  • фишер : генерирует наборы направлений. Взятых из распределений Фишера с вертикальным истинным средним
  • fishrot : генерирует наборы направлений. Взятых из распределений Фишера с произвольным истинным средним
  • флип : переворачивает второй режим (обратные направления) к своим антиподам
  • гаусс : генерирует данные. Взятые из нормального распределения
  • gobing : вычисляет статистику Бингема из набора направлений
  • gofish : вычисляет статистику Фишера по набору направлений
  • gokent : вычисляет статистику Кента по набору направлений
  • goprinc : вычисляет статистику основных направлений
  • igrf : вычисляет векторы геомагнитного поля для местоположения. Возраста с учетом полевой модели (например, IGRF)
  • incfish : оценивает истинный средний наклон только по данным наклона
  • pca : вычисляет наиболее подходящую линию или плоскость для данных размагничивания и связанной с ними статистики.
  • pt_rot : вращает точку с заданным конечным полюсом вращения
  • scalc : вычисляет разброс VGP
  • s_eigs : берет тензор из 6 элементов и вычисляет собственные параметры (см. eigs_s)
  • s_geo : вращает тензоры 6 элементов в географические координаты
  • s_hext : вычисляет статистику Hext из 6-элементных тензоров
  • s_tilt : поворачивает тензоры 6 элементов в стратиграфические координаты
  • separate_directions : разделение набора направлений на два режима (нормальный и обратный)
  • squish : сглаживает данные наклона с учетом коэффициента сглаживания (см. unsquish)
  • sundec : вычисляет направление к солнцу для определения местоположения, даты. Времени и азимута солнца.
  • tk03 : генерирует наборы направлений. Согласующихся с полевой моделью TK03
  • равномерность : генерирует наборы равномерно распределенных направлений
  • unsquish : unsquishes сглаженные наклонности. Заданные коэффициентом сглаживания (см.)
  • vector_mean : вычисляет среднее векторное значение для наборов векторов (склонение. Наклон. Интенсивность)
  • vdm_b : вычисляет интенсивность в заданном месте по заданному виртуальному дипольному моменту (см. b_vdm)
  • vgp_di : вычисляет направление в заданном месте от виртуального геомагнитного полюса (см. di_vgp)
  • watsons_f : вычисляет статистику Watson’s F для тестирования общего среднего

Участки:

  • ani_depthplot : графики данных анизотропии по глубине в стратиграфическом разрезе (Xmas tree plots)
  • aniso_magic : делает графики данных анизотропии и загрузочных конфиденциальностей
  • biplot_magic : строит различные столбцы друг против друга в файлах данных в формате MagIC
  • chi_magic : отображает данные магнитной восприимчивости в магическом формате в зависимости от поля. Частоты или температуры.
  • common_mean : графический подход к тестированию двух наборов направлений для общего среднего значения с использованием bootstrap
  • core_depthplot : графики магических форматированных данных
  • кюри : делает графики данных температуры Кюри и дает оценки для Tc
  • dayplot_magic : makes Day et al. (1977) и другие графики со статистикой гистерезиса
  • dmag_magic : эпюры остаточной намагниченности против шага размагничивания для магических форматированных файлов
  • eqarea и eqarea_magic : делает проекции одинаковой площади для направлений
  • eqarea_ell : делает проекции одинаковой площади для направлений с заданными доверительными эллипсами
  • find_ei : находит нелестный коэффициент наклона. Который отменяет направления в соответствии с распределением TK03
  • fishqq : делает Квантиль-Квантильный график для направлений против равномерных и экспоненциальных распределений
  • foldtest и foldtest_magic : находит коррекцию наклона. Которая максимизирует концентрацию направлений. С загрузочными доверительными границами.
  • forc_diagram : графики диаграмм ФОРК как для обычных. Так и для нерегулярных ФОРК
  • hysteresis_magic : делает графики гистерезисных данных (не FORCs).
  • irm_unmix : анализ данных сбора IRM с точки зрения распределения коэрцитивности
  • irmaq_magic : графики данных приобретения IRM
  • lnp_magic : строит линии и плоскости для данных уровня площадки и вычисляет наилучшее среднее значение и alpha95
  • lowes : делает график спектра Лоу для модели геомагнитного поля
  • lowrie и lowrie_magic : делает графики экспериментов по размагничиванию 3D-IRM Lowrie (1990)
  • plot_cdf и plot_2cdfs : делает накопительный график распределения данных
  • plotdi_a : делает равными графики направлений и их альфа95s
  • plot_geomagia : делает графики из файлов. Загруженных с веб-сайта geomagia
  • plot_magic_keys : графики данных из файлов данных в формате MagIC
  • plot_ts : создает график желаемой временной шкалы геомагнитного разворота
  • qqplot : делает квантиль-квантильный график для данных против нормального распределения
  • qqunf : создает график Квантиль-квантиль для данных с равномерным распределением
  • quick_hyst : делает гистерезисные графики
  • revtest и revtest_magic : выполняет тест bootstrap reversals
  • thellier_magic : делает графики данных thellier-thellier.
  • watsons_v : делает график для теста Ватсона V для общего среднего
  • zeq и zeq_magic : делает графики quicky zijderveld для данных измерений

Карты:

  • cont_rot : делает графики континентов после поворота в заданную систему координат
  • plot_mag_map : делает цветной контурный график моделей геомагнитного поля
  • plot_map_pts : построение точек на картах
  • polemap_magic : читает в MagIC форматированный файл с палеомагнитными полюсами и строит их
  • vgpmap_magic : считывает в Magic форматированный файл с виртуальными геомагнитными полюсами и строит их

Работа с магией:

  • чтение магических файлов (magic_read) : чтение в магических форматированных файлах
  • написание магических файлов (magic_write) : вывод магических форматированных файлов
  • combine_magic : объединяет два магических отформатированных файла одного типа
  • convert_ages : преобразование возрастов в загруженный волшебный файл в Ma
  • grab_magic_key : выводит один столбец из файла формата MagIC
  • magic_select : выбирает данные из файла формата MagIC при заданных условиях (например. Коды методов содержат строку)
  • sites_extract : создает файлы excel или latex из sites.txt для публикаций
  • criteria_extract : создает файлы excel или latex из criteria.txt для публикаций
  • samplens_extract : создает файлы excel или latex из specimens.txt для публикаций
  • вклады : работа с моделью данных 3.0 MagIC contributions

    • download_magic : распаковывает текстовый файл вклада. Загруженный с веб-сайта MagIC
    • upload_magic : подготавливает каталог с магическим вкладом для загрузки в MagIC
    • cb.add_sites_to_meas_table : завершает кадр данных измерений информацией. Необходимой для построения графика по узлам.
    • cb.get_intensity_col : находит первый ненулевой тип данных интенсивности в кадре данных измерений.
  • сценарии преобразования : преобразование многих форматов лабораторных измерений в формат MagIC data model 3

    • _2g_asc_magic : преобразует файлы ascii 2G в MagIC
    • _2g_bin_magic : преобразует двоичные файлы 2G в MagIC
    • agm_magic : преобразует файлы измерений переменного градиента силы намагничивания (AGM) Принстона в MagIC.
    • bgc_magic : преобразование файлов Геохронологического центра Беркли в MagIC.
    • cit_magic : преобразование файлов формата Cal Tech в MagIC.
    • generic_magic : преобразует общие файлы в MagIC.
    • huji_magic : преобразует Еврейский университет, Иерусалим. Израиль файлы в магию.
    • huji_sample_magic : преобразование файлов HUJI в магический формат.
    • jr6_jr6_magic : преобразует файлы AGICO JR6 spinner .jr6 в MagIC
    • jr6_txt_magic : преобразует файлы AGICO JR6 .txt в MagIC
    • k15_magic : преобразует 15 измерительных файлов анизотропии магнитной восприимчивости в магию.
    • kly4s_magic : преобразует отформатированные файлы SIO KLY4S в MagIC.
    • ldeo_magic : преобразует файлы Lamont-Doherty в MagIC.
    • livdb_magic : преобразует файлы Liverpool в MagIC.
    • mst_magic : преобразует экспериментальные данные температуры Кюри в MagIC
    • sio_magic : преобразует файлы данных Института океанографии Скриппса в MagIC
    • sufar4_magic : преобразует файлы ascii программы AGICO SUFAR (ver.1.2.) в MagIC
    • tdt_magic : преобразование файлов инструментов Thellier в MagIC
    • utrecht_magic : преобразует файлы роботов Fort Hoofddijk. Utrecht University в MagIC
    • orientation_magic : преобразует “orient.txt” отформатированный файл с информацией полевого блокнота в магические отформатированные файлы
    • azdip_magic : преобразует файл в формате

Другие удобные скрипты:

  • chartmaker : скрипт для создания графика для руководства экспериментом IZZI lab experim

2.1 Использование PmagPy

Гораздо больше информации доступно по каждой программе PmagPy. Чтобы узнать. Как использовать PmagPy в среде Python (например. Блокнот Juypyter. Интерпретатор Python или ваш собственный скрипт Python). У вас есть два варианта.

Вы можете запустить интерактивную демонстрацию PmagPy здесь. Пожалуйста, наберитесь терпения – инициализация займет несколько минут.

Вы можете просмотреть статическую страницу PmagPy здесь. Файлы данных. Используемые в примерах. Находятся в каталоге data _files. Входящем в комплект поставки дистрибутива программного обеспечения PmagPy. Если вам нужна помощь в поиске файлов данных. Обратитесь к инструкциям по установке.

Как интерактивная демонстрация. Так и статическая страница содержат полное введение в PmagPy.

Вы также можете посмотреть исходный код в Интернете по адресу:

https://github.com/PmagPy/PmagPy

2.2 Использование PmagPy в командной строке

PmagPy также можно использовать в командной строке.

Вот краткое введение в то. Как работают программы командной строки PmagPy. Все программы PmagPy выводят справочное сообщение. Если вы наберете: “программа_name.py -h” в командной строке. У многих есть “интерактивная” опция. Запускаемая программой наборатекста _name.py -я. Многие из них также позволяют считывать данные со стандартных входных и выходныхданных . В справочном сообщении будет объяснено. Как функционирует каждая конкретная программа. Существует несколько общих функций для параметров командной строки:

  • Переключатели имеют длину от одного до трех символов. Перед которыми стоит буква
  • Переключатель
  • Опции для переключателей командной строки сразу же следуют за переключателем. Например: -f INPUT-F OUTPUT установит входной файл на INPUT. А выходной-на OUTPUT.
  • Все переключатели для входных файлов начинаются с-f и-F для выходных файлов.
  • -spc-sam-sit-syn-loc-это переключатели. Относящиеся соответственно к образцам. Образцам, участкам. Синтетике и местоположениям.
  • Капитализированные переключатели подавляют опцион (например,- A означает не усреднять. В то время как-a означает усреднять).
  • -crd [s,g,t] задает систему координат
  • -fmt [svg,png,jpg] формат изображения по умолчанию.
  • -sav молча сохраняет графики и выходит из программы

В зависимости от вашей операционной системы вам может потребоваться использовать другую команду для вызова программы командной строки. Подробности см. в этом разделе.

Вы можете увидеть примеры для каждой программы на странице PmagPy-cli . Файлы данных. Используемые в примерах. Находятся в каталоге data _files. Входящем в комплект поставки дистрибутива программного обеспечения PmagPy. Если вам нужна помощь в поиске файлов данных. Обратитесь к инструкциям по установке.

Вы также можете ознакомиться с исходным кодом в Интернете по адресу:

https://github.com/PmagPy/PmagPy

Pmag GUI-это графический пользовательский интерфейс (GUI). Написанный Лори Джонестраск и Роном Шааром. Который обеспечивает быстрый путь к основным программам PmagPy. Рабочий процесс схематически проиллюстрирован здесь:

ФИЛЬМ

Примечание: Графический интерфейс Pmag доступен для использования как с данными 3.0, так и с данными 2.5. Все новые вклады должны создаваться с использованием версии 3.0, но версия 2.5 может использоваться для устаревших наборов данных. А затем обновляться с помощью волшебного сайта. Вы можете указать. Какую модель данных вы хотите использовать. В командной строке с помощью переключателя “-DM” или в окне. Которое появляется при первом открытии графического интерфейса Pmag.

ФИЛЬМ

  1. Убедитесь. Что вы выполнили все шаги. Описанные в разделе Установка PmagPy.
  2. Откройте командную строку и запустите графический интерфейс Pmag с помощью соответствующей команды (pmag_gui.py. Pmag_gui_anaconda. Или pmag_gui). Если вы не знаете. Какую команду использовать. Обратитесь к этому разделу для получения дополнительной информации.
  3. Когда вы запускаете графический интерфейс Pmag, первым шагом является изменение каталогов в Для каждого исследования создайте каталог с именем. Относящимся к этому исследованию. Здесь мы будем называть его этим проектом Именно здесь вы будете собирать и обрабатывать все скальные и палеомагнитные данные для данного исследования. Обычно публикации. Имя каталога проекта не должно содержать пробелов и должно быть помещено на жесткий диск в том месте. Где в пути нет пробелов. В некоторых версиях Windows это означает. Что вы должны не использовать свой домашний каталог. А создать каталог, называемый, например,:

    D:\MyPmagProjects

    и положил туда этот проект.

  4. копирование примеров файлов: Используйте move_data_files.py чтобы переместить файлы данных в доступное место. Воспользуйся:

     
    move_data_files.py -ч

    в командной строке для справки). В папке PmagPy-data/data_files вы найдете подпапку с именем Pmag_GUI. Скопируйте содержимое каталога ThisProject в собственную папку каталога проекта.

  5. Запустите Pmag GUI либо набрав pmag_gui.py в командной строкеили (если у вас есть автономныйрежим) дважды щелкните значок графического интерфейса Pmag на рабочем столе.
  6. При необходимости измените каталоги. Нажав на кнопку “Изменить каталог” и выберите свой собственный каталог этого проекта.

3.1 Преобразование файлов магнитометра в формат MagIC

  • Графический интерфейс Pmag позволяет конвертировать множество различных лабораторных форматов. Дополнительные сведения см. в разделе о поддерживаемых файлах Рок-магнитометров. В этом примере мы будем использовать Пример универсального формата файла показан здесь:

    ФИЛЬМ

    Чтобы узнать. Что означают все заголовки столбцов. Ознакомьтесь с документацией generic_magic.py

  • В вашем каталоге ThisProject есть три файла с данными измерений AF. Thermal и Thellier образцов с сайта sr01 (a lava flow site) Tauxe et al. (2004). Существует также файл с ориентацией образца. Местоположением и другими метаданными. Типичными для палеомагнитного исследования.
  • Нажмите кнопку [Преобразовать файлы магнитометра в магический формат]. Если меню не появляется или окно пусто. Нажмите на значок Python (маленький космический корабль. Карандаш и бумага или перо) в доке. Вы должны увидеть что появится диалоговое окно с различными форматами файлов:

    ФИЛЬМ

  • Нажмите на Появится новое диалоговое окно. Для получения более подробной информации нажмите на кнопку [help].
  • В диалоговом окне нажмите кнопку [Добавить] и выберите один из файлов измерений.
  • Необязательно: Вставьте имя пользователя EarthRef.
  • Выберите тип эксперимента из выпадающего списка.
  • Выберите образец-соглашение об именовании образцов. В этом примере образец sr01a1 принадлежит образцу sr01a. Поэтому соглашение об именовании образца-образца является
  • Выберите Соглашение об именовании образцов сайтов. В этом примере образец sr01a принадлежит сайту sr01, поэтому соглашение об именовании образца сайта терминальных символов’ с разделителем/числом ‘1′.
  • Заполните Имя местоположения EarthRef для этого проекта . Для этого проекта это “Змеиная река”.
  • Примечание: местоположение-это стратиграфический разрез. Область отбора проб. Буровой снаряд и т. Д. MagIC на самом деле не волнует. Каково ваше имя местоположения. Но используйте одно и то же имя местоположения каждый раз. Когда вас просят об этом. Потому что это действительно связывает ваш набор данных вместе и требуется в модели данных.

    Ваши диалоговые окна должны выглядеть так для АФ и тепловых данных:

    ФИЛЬМ

    и вот так для данных палеоинтенсивности. Для получения данных палеоинтенсивности вы также должны указать лабораторное поле в микро тесла (40) и ориентацию относительно направления X образца: 0-90.

    ФИЛЬМ

  • Нажмите кнопку ОК. Чтобы создать новый файл волшебного измерения. Который будет сохранен в вашем каталоге ThisProject.
  • После преобразования всех файлов в формат MagIC нажмите кнопку [Следующий шаг] в диалоговом окне Все файлы с суффиксом .magic будут добавлены в список. [Вы можете изменить список. Удалив ненужные файлы или добавив дополнительные файлы в формате MagIC.] Вы должны увидеть список из трех магических файлов:

    ФИЛЬМ

  • Нажмите кнопку ОК. Эти три файла будут объединены в один файл с именем measurements.txt а также хранится в вашем каталоге ThisProject.
  • В следующем диалоговом окне вы объедините файлы sample, sample. Site и location.

3.2 Дополнительно: Расчет географического направления с поправкой на наклон

  • Графический интерфейс Pmag предоставляет дополнительный инструмент для расчета географических направлений и направлений с поправкой на наклон. Если эти направления не были частью исходных файлов данных. Чтобы использовать этот инструмент. Нажмите на кнопку с надписью
  • Когда вы открываете это окно. Пустой шаблон файла с именем demag_orient.txt был создан в каталоге проекта. Этот файл отображается в окне Python. Вы можете заполнить этот файл вручную с помощью окна GUI или с помощью электронной таблицы. Шаблон предварительно заполняется именами образцов. Полученными из файлов измерений. С использованием выбранных вами правил именования.
  • Чтобы заполнить информацию об ориентации. Нажмите кнопку [Импортировать файл ориентации] и выберите файл SrExample_orient.txt из папки MyFiles.
  • Нажмите кнопку [Сохранить файл ориентации].
  • Нажмите кнопку [Рассчитать ориентацию образца].
  • Заполните диалоговое окно [set orientation convention] следующим образом:

    ФИЛЬМ

    • Конвенция об ориентации :Помрой.
    • Коррекция склонения: Используйте IGRF.
    • Приоритет ориентации: #1.
    • Поставьте в число часов. Чтобы ВЫЧЕСТЬ из местного времени. Чтобы добраться до среднего времени по Гринвичу: -6. [Местное время было на 6 часов позже GMT для этого примера.]
    • нажмите кнопку OK.
  • В диалоговом окне [дополнительная необходимая информация] добавьте дополнительную информацию:

ФИЛЬМ

3.3 Заполнение метаданных

Заполнение метаданных-важнейшая часть построения волшебного каталога проектов. Данные, относящиеся к этому примеру. Расположены в пяти таблицах: образцы. Образцы, участки. Местоположения. Возраст. Чтобы заполнить данные. Нажмите кнопку и следуйте инструкциям в окне справки по порядку:

  • Шаг 0: Выберите соответствующие заголовки для каждой из ваших таблиц. Обязательные заголовки (или заголовки. Уже присутствующие в ваших таблицах) отображаются в верхнем поле. Необязательные-в нижнем. В нашем примере вам не нужно будет добавлять никаких дополнительных заголовков. После того как вы добавили все необходимые заголовки. Нажмите кнопку ОК. Чтобы перейти к следующему шагу.

    ФИЛЬМ

  • Следующие шаги содержат редактируемые сетки. Для многих столбцов вы можете редактировать их с помощью раскрывающихся меню. Которые предоставляют управляемые словари. Для других необходимо вручную ввести данные в ячейку. Один щелчок левой кнопкой мыши вызовет выпадающее меню; двойной щелчок левой кнопкой мыши вызовет редактор ячеек. При обоих типах ввода данных можно выбрать одно значение для всего столбца. Просто нажмите на метку столбца. Если в этом столбце есть выпадающее меню. Вы можете нажать на любую ячейку в столбце. Появится соответствующее меню. И выбранное значение будет распространяться по всему столбцу. Изменения в этом столбце будут оставаться глобальными до тех пор. Пока вы не выберете другой столбец для редактирования или вы отменяете выбор столбца. Снова нажав на метку столбца. Если вы выберете столбец. В котором нет раскрывающегося меню. Появится диалоговое окно ввода текста. И указанное вами значение будет применено к этому столбцу.
  • Шаг 1: Обновите таблицу образцов. Вы не можете переименовать образцы. Но можете переназначить их на другой образец. Также можно добавить дополнительные сэмплы. Используя кнопку Обратите внимание. Что столбцы Они будут автоматически распространяться вниз. Когда вы выберете значения на уровне образца или участка для типа. Литологии и класса. В этом примере вы можете просто нажать кнопку [Сохранить и продолжить].

    ФИЛЬМ

  • Шаг 2: Обновите таблицу образцов. Вы можете переименовать образцы или переназначить их на другой сайт. Вы также можете добавить дополнительные сайты с помощью кнопки “Добавить новый сайт“. В этом примере вы можете просто нажать [Сохранить и продолжить].

    ФИЛЬМ

  • Шаг 3: Обновите таблицу сайтов. Вы можете переименовать сайты или переназначить их в другое место. Вы можете добавить дополнительные местоположения с помощью кнопки “Добавить новое местоположение”. Вы должны выбрать легальную запись из контролируемых словарей для следующих заголовков: “класс”. “литология”, “тип”. Вы можете объединить более одного контролируемого словаря. Сделав их списком. Разделенным двоеточием. Если вы выберете значение в следующих категориях: класс. Литология, тип. Долгота или широта. То эти значения будут перенесены в таблицу образцов. В этом примере геологические классы=Экструзивные:Магматические; литологические=Базальтовые Лава; геологические типы=Лавовый поток. Вы также должны добавить данные о возрасте: age=2.3, ageunit=Ma.

    ФИЛЬМ

  • Шаг 4: Обновите таблицу местоположения. Если вы предоставили широты и долготы сайта. Столбцы для начала и окончания широты и долготы должны быть заполнены уже. Аналогично, “agehigh”. “agelow” и “ageunit” будут заполнены данными из таблицы сайтов. Вы должны выбрать легальную запись из контролируемых словарей для “location_type”. В этом примере: location_type = outcrop.

    ФИЛЬМ

  • Шаг 5: Добавьте данные о возрасте. Для этого урока вы можете пропустить этот шаг (просто нажмите [Сохранить и продолжить]).

3.4 Быстрый запуск графического интерфейса Demag

Затем нажмите кнопку [Demag GUI]. Это основная панель графического интерфейса demag:

ФИЛЬМ

Использование графического интерфейса Demag более подробно описано в разделе графического интерфейса Demag ниже. Вот несколько инструкций. Которые можно использовать в качестве быстрого старта для использования графического интерфейса Demag. Примечание: Если вам нужна помощь с какой-то конкретный аспект Демаг графического интерфейса нажатием на [справка] [использование и советы] (горячей клавишей Ctrl-H) и затем щелкнув на элемент. Который вы хотите узнать больше о предоставим всплывающее окно с информацией для почти все аспекты графического и интерпретации редактор, см дополнительная справка для получения более подробной информации. (Для пользователей Mac все горячие клавиши используют командную кнопку вместо Ctrl.)

Прежде чем приступить к анализу. Вы можете выбрать свою систему координат. В раскрывающемся меню Система координат и ориентация проекции могут переключаться на протяжении всего анализа. Что обновляет вид данных в пределах графика векторных компонент Зийдервельда и направленных проекций равной площади.

Чтобы проанализировать данные в этом примере. Выполните следующие действия для каждого образца:

  • Нажмите кнопку
  • Нажмите кнопку ‘далее’. Чтобы проанализировать следующий образец (горячая клавиша: ctrl-right).
  • Примечание: каждая подгонка будет сохранена в памяти. Когда вы нажмете кнопку Чтобы отключить это поведение. Снимите флажок автосохранение.

Чтобы вычислить среднее значение Фишера для сайта: выберите из раскрывающегося меню Сначала выберите: component=All. Затем выберите: mean=Fisher.

Все fits можно просмотреть и изменить с помощью редактора интерпретации. Который можно выбрать из меню Инструменты в верхней строке меню. (горячая клавиша: ctrl-e)

Чтобы навсегда сохранить все интерпретации образцов. Выберите из меню [Файл] [Сохранить магические таблицы]. Это сохраняет все интерпретации в таблицах sample/sample/site в каталоге ThisProject. Fits, сохраненные таким образом. Будут загружены в demag_gui при следующем его запуске. Щелкните по диалоговым окнам и заполните варианты для создания магических результатов.

Если вы находитесь на полпути через ваш анализ. Вы можете сохранить свое место. Не выводя в магические таблицы. Для сохранения временных данных анализа используйте [Файл] [Сохранить интерпретации в файл повтора]. Это сохраняет все данные интерпретации в файл повтора. Который не будет загружаться сразу при запуске графического интерфейса. Но сохраняет эстетические аспекты интерпретаций. Такие как цвет. А также образец. На котором вы были. Когда вы сохраняли. Чтобы сохранить свое место в анализе. И позволяет перезагрузить сеанс без полного экспорта магических таблиц.

Закройте графический интерфейс Demag.

3.5 Быстрый запуск графического интерфейса

Затем нажмите кнопку [Thellier GUI]. Это основная панель графического интерфейса thellier:

На этом рисунке показана основная панель графического интерфейса Thellier:

ФИЛЬМ

Использование графического интерфейса Thellier GUI более подробно описано в разделе Thellier GUI ниже и в этом PDF-документе: Руководство по графическому интерфейсу Thellier GUI. Вот несколько инструкций. Которые можно использовать в качестве быстрого старта для использования графического интерфейса Thellier.

Вы можете настроить. Какие критерии отбора вам нужны. В разделе Предпочтения =>> Статистика палеоинтенсивности образцов (из списка SPD). При этом используются определения статистики палеоинтенсивности Paterson et al. (2014). Затем выберите границы для статистики в разделе [Анализ] =>>[Критерии принятия] => > [Изменить критерии принятия].

По умолчанию программа предназначена для расчета выборочных средних. Чтобы изменить его на среднее значение уровня сайта. Выберите в меню: [Анализ] [Критерии приемлемости] [Изменить критерии приемлемости]. Найдите выпадающее меню Нажмите кнопку ОК. Среднее значение сайта появится в поле sample/site results (вверху справа).

Затем, чтобы проанализировать полученные данные. Выполните следующие действия для каждого образца:

  • Выберите температурные границы в раскрывающемся меню
  • Нажмите кнопку

Затем вы сохраните эти интерпретации в файл. Для этого выберите пункт меню [Файл] [Сохранить таблицы MAGIC pmag]. Это экономит все интерпретации в specimens.txt файл в каталоге проекта MagIC. Закройте графический интерфейс Thellier.

3.6 Загрузка в базу данных

Чтобы создать файл MagIC-format для загрузки. Сначала нажмите зеленую кнопку Create MagIC txt file for upload на главной странице графического интерфейса Pmag. Файл будет создан в вашем каталоге ThisProject. Теперь перейдем к магическому интерфейсу. Нажмите на кнопку загрузку файл в окне ‘Drop and drop files here to upload’. Поздравления. Ваши данные теперь находятся в базе данных под частным вкладом. Но, они еще не активированы и не могут быть активированы, пока они. По крайней мере. Не будут приняты к публикации. После того, как у вас есть подходящая ссылка. Вы можете активировать свой вклад. Как только вы активируете загруженный набор данных (только для опубликованных работ). Он станет общедоступным.

3.7 Загрузка данных из MagIC

Данные можно загрузить из базы данных MagIC и изучить с помощью инструментов PmagPy. Интерфейс MagIC search предоставляет широкий выбор фильтров поиска. Доступных при нажатии на текстовое поле Чтобы найти данные из конкретной ссылки. Просто замените их цифровым идентификатором объекта (DOI) в окне вашего браузера:

http://earthref.org/MAGIC/doi/10.1029/2003GC000661

Выше DOI найдет данные для статьи Tauxe et al. (2004). [Это может не сработать в Safari; если это так. Используйте альтернативный браузер. Например Firefox или Chrome.] Чтобы загрузить данные. Просто нажмите на значок файла с надписью “Загрузить”. Это сохранит файл в папку загрузки. Чтобы распаковать этот файл после загрузки из базы данных. Откройте графический интерфейс Pmag и нажмите “распаковать загруженный TXT-файл“.

3.8 Подготовка к магии

3.8.1 Полевая и выборочная информация

Существует поразительное количество различных способов. Которыми палеомагнетики документируют данные в полевых и лабораторных условиях. Эта разновидность встречается с большим количеством кодов методов. Описывающих процедуры выборки и ориентации (см. https://earthref.org/MagIC/method-codes для полного описания). База данных MagIC ожидает. Что ориентация образца будет азимутом и погружением фидуциарной стрелки. Используемой для измерения (см. [Essentials. Глава 9] ) и ориентация постельного белья должна быть dip direction и downward dip. Так что независимо от ваших собственных предпочтений. Она должна быть переведена в стандартное магическое соглашение для использования с программами PmagPy и с графическим интерфейсом Pmag.

Графический интерфейс Pmag поддерживает два различных способа получения ориентации и другой связанной с выборкой информации в магический формат. Первый путь-через шаг 2 на передней панели GUI и заполнение данных из GUI. Этот способ будет работать для многих приложений. Но может быть желательно заполнить электронную таблицу отдельно от графического интерфейса с помощью файла с разделителями табуляции (orient.txt формат). Нажав на шаг 2 на передней панели GUI, вы создадите файл с именем demag_orient.txt который имеет все ваши примеры имен в нем. Каждый orient.txt файл должен содержать всю информацию для одного места магиячувственности .

ФИЛЬМ

Следующая строка содержит названия столбцов. Обязательными столбцами являются: sample_name. Mag_azimuth, field_dip. Date, lat, long. Sample_lithology. Sample_type. Sample_class). Но есть и ряд других возможных столбцов (например. Необязательные поля в orient.txt форматированные файлы: [date. Shadow_angle. Hhmm], date. Stratigraphic_height. [bedding_dip_direction. Bedding_dip]. [image_name. Image_look. Image_photographer]. Participants. Method_codes. Site_name и site_description, GPS_Az]). Имена столбцов в скобках должны быть поставлено совместно и данные для stratigraphic_height в метрах. Также обратите внимание. Что если это неориентированные образцы. Просто установите mag_azimuth и field_dip в 0.

Он удобен для документирования литологической. Типовой и материальной классификационной информации. Необходимой для магии. Это все контролируемые словари. Перечисленные в http://earthref.org/MAGIC/shortlists.htm… Для археологических материалов установите литологию на “Не указано”.

Поместите стратиграфическую информацию о высоте. Солнечном компасе. Дифференциальной ориентации GPS под соответствующими заголовками столбцов. Вы также можете пометить определенную ориентацию образца как подозрительную. Имея столбец Другие варианты включают документирование имен цифровых полевых фотографий и того. Кто принимал участие в отборе проб.

Для измерений солнечного компаса укажите shadow_angle. Дату и время. Дата должна быть в формате mm/dd/yy. Если вы вводите время в локальное время, убедитесь. Что вы знаете смещение к универсальному времени. Так как вам придется предоставить его при импорте файла. Кроме того, в один файл помещаются только данные из одного часового пояса. Угол тени должен соответствовать условию. Показанному на этом рисунке (от Tauxe et al., 2010):

ФИЛЬМ

Поддерживаемые схемы ориентации образцов:

Существуют варианты различных соглашений об ориентации (направление сверления с помощью устройства ориентации Помероя [азимут сверления и аид] используется по умолчанию). Различные соглашения об именовании и выбор того. Следует ли автоматически вычислять значение IGRF для коррекции магнитного склонения. Предоставлять свою собственную коррекцию или игнорировать ее. Программа генерирует или обновляет данные samples.txt и sites.txt файлы.

Все изображения. Например фотографии обнажений. Поставляются в виде отдельного zip-файла. image_name-это имя изображения. Которое вы будете импортировать. Image_look-это “направление взгляда“. А image_photographer-это человек. Сделавший снимок. Эта информация будет помещена в файл с именем images.txt и в конечном итоге будет прочитано в таблице изображений.

Часто палеомагнетики отмечают. Когда ориентация образца подозрительна в поле. Чтобы указать . Что конкретный образец может иметь неопределенность в своей ориентации. Которая больше. Чем около 5, введите SO-GT5 в столбце method_codes и любые другие специальные коды. Относящиеся к конкретному образцу из таблицы method_codes. Другие общие коды методов могут быть введены позже. Обратите внимание. Что в отличие от date и sample_class. Коды методов. Введенные в orient.txt относятся только к образцу на той же линии.

Образцы ориентируются в поле с помощью “полевой стрелки“ и измеряются в лаборатории с помощью “лабораторной стрелки“. Лабораторная стрелка — это положительное направление X правой системы координат измерений образца. Стрелки лаборатории и поля могут быть разными. В базе данных MagIC нам требуется ориентация (азимут и погружение) направления X измерений (лабораторная стрелка). Здесь есть некоторые популярные соглашения. Которые преобразуют азимут стрелки поля (mag_azimuth в orient.txt файл) и dip (field_dip in orient.txt) к азимуту и погружению лабораторной стрелки (sample_azimuth и sample_dip in samples.txt). Два угла, mag_azimuth и field_dip объясняются ниже.

[1] Стандартное соглашение Помероя об азимуте и аиде (градусах от вертикали вниз) направления бурения (полевая стрелка). sample_azimuth = mag_azimuth; sample_dip =-field_dip.

ФИЛЬМ

2] Полевая стрелка-это удар плоскости. Ортогональной направлению сверла. Полевое падение-это аида направления сверла. Азимут лабораторной стрелки = mag_azimuth-90; Dip лабораторной стрелки = -field_dip

ФИЛЬМ

[3] Лабораторная стрелка совпадает с направлением сверла; аида была измерена в полевых условиях. Азимут лабораторной стрелки = mag_azimuth; Dip лабораторной стрелки = 90-field_dip.

ФИЛЬМ

[4] Ориентация лабораторной стрелки такая же. Как у mag_azimuth и field_dip.

ФИЛЬМ

[5] Азимут лабораторной стрелки-mag_azimuth. А провал лабораторной стрелки-field_dip-90

ФИЛЬМ

[6] Азимут лабораторной стрелки равен mag_azimuth-90, провал лабораторной стрелки равен 90-field_dip, т. е.:

ФИЛЬМ

Соглашения о структурной коррекции:

Из-за двусмысленности страйка и провала магическая база данных использует направление провала и провал. Где провал положителен от 0 до 180. Провалы>>90-это перевернутые кровати.

Поддерживаемые примеры схем именования:

[1] XXXXY: где XXXX-обозначение сайта произвольной длины, а Y
-обозначение образца одного символа. например. TG001a-
первый образец с сайта TG001. [по умолчанию]
[2] ХХХХ-ый: ый образца со страницы ХХХХ (ХХХ. Гг произвольная длина)
[3] ХХХХ.Ый: ый образца со страницы ХХХХ (ХХХ. Гг произвольная длина)
[4-я] ХХХХ[УУУ]: УУУ, это образец с обозначением Z символов с сайта ХХХ
[5] имя сайта = выборка имя
[6] имя сайта. Введенное в столбец site_name в orient.txt формат входного файла
[7-Z] [XXX]YYY: XXX-это обозначение сайта символами Z из образцов XXXYYY

Когда вы закончите с редактированием orient.txt файл. Вернитесь к шагу 2 на передней панели графическогоинтерфейса .

3.8.2 Поддерживаемые файлы Рок-магнитометра

База данных MagIC предназначена для приема данных самых разнообразных палеомагнитных и горных магнитных экспериментов. Из-за этого таблица magic_measurements усложняется. Каждое измерение имеет смысл только в контексте того. Что происходило с образцом до измерения и при каких условиях было произведено измерение (температура, частота. Приложенное поле. Ориентация образца и т. Д.). Также, много различных видов аппаратур в общей пользе. Включая магнитометры утеса. Метры восприимчивости. Балансы Кюри. Вибрируя образец и чередовать магнитометры градиентной силы и так далее. Мы приложили усилия для написания программ перевода для самых популярных форматов инструментов и файлов и продолжаем добавлять новые поддерживаемые форматы по мере появления такой возможности. Здесь мы опишем различные поддерживаемые типы данных и расскажем вам. Как подготовить ваши файлы к импорту. Как правило. Все файлы для импорта должны быть помещены в каталог MyFiles или в его подкаталоги по мере необходимости. Если вы не видите свой тип данных в этом списке. Пожалуйста. Отправьте пример файла и запрос по адресу: ltauxe@ucsd.edu и мы доставим его туда для вас.

Поддерживаемые форматы файлов:

Файлы Рок-магнитометра:

  • _2g_asc_magic : преобразуйте файл 2G ascii в MagIC — но пока нет примера.
  • _2g_bin_magic : преобразование двоичного формата 2G в MagIC
  • agm_magic : преобразование выходных файлов Princeton Measurements alternating gradient force magnetization (AGM) в формат MagIC.
  • bgc_magic : преобразуйте формат геохронологической лаборатории Беркли в MagIC.
  • cit_magic : преобразование формата файла Cal Tech.
  • generic_magic : преобразуйте общий формат файла в MagIC.
  • huji_magic : преобразование Еврейского университета, Иерусалим. Израиль формат файла в MagIC.
  • huji_sample_magic : преобразуйте файл образца HUJI в формат MagIC.
  • jr6_jr6_magic : преобразование вывода AGICO JR6 spinner .jr6 в MagIC
  • jr6_txt_magic : преобразование формата AGICO JR6 txt в MagIC
  • k15_magic : преобразование 15 измерений анизотропии магнитной восприимчивости в формат файла MagIC.
  • ldeo_magic : конвертировать формат файла Lamont-Doherty в MagIC.
  • livdb_magic : преобразование формата файла Liverpool в MagIC.
  • mst_magic : преобразование экспериментальных данных температуры Кюри в MagIC
  • sio_magic : преобразование формата данных Института океанографии Скриппса в MagIC
  • sufar4_magic : конвертировать формат файла AGICO SUFAR program (ver.1.2.) ascii в формат MagIC
  • tdt_magic : преобразование формата инструмента Thellier в MagIC 3.0
  • utrecht_magic : преобразуйте формат файла робота Fort Hoofddijk. Utrecht University Robot в MagIC
  • orientation_magic : преобразование ”orient.txt” отформатированный файл с информацией полевой записной книжки в магические отформатированные файлы
  • azdip_magic : преобразование отформатированного файла

Анизотропия магнитной восприимчивости файлов:

  • s_magic : преобразование формата 6 тензорных элементов (.s) в MagIC
  • kly4s_magic : преобразование формата AMSSpin Gee et al. 2008 в MagIC
  • k15_magic : преобразование 15 измерений анизотропии магнитной восприимчивости в формат файла MagIC.
  • sufar4_magic : конвертировать формат файла AGICO SUFAR program (ver.1.2.) ascii в формат MagIC

Форматы файлов гистерезиса

Графический интерфейс Pmag будет импортировать данные гистерезиса из магнитометров переменного градиента Micromag комнатной температуры (AGM) несколькими различными способами. Вы можете импортировать либо петли гистерезиса. Либо кривые обратного поля. Либо целые каталоги одного и того же. В последнем случае окончание файла должно быть либо .agm (.AGM), либо .IRM (.IRM), а первой частью файла должно быть имя образца. Примеры см. в документации к agm_magic.

Теперь, когда вы собрали все необходимые файлы. Мы можем начать их импорт в MagIC directory с шагом 1 в графическом интерфейсе Pmag.

MagIC GUI-это графический пользовательский интерфейс. Написанный Лори Джонестраск. Он предназначен для эффективной компиляции вклада для загрузки в базу данных MagIC. MagIC GUI специально разработан для внесения вклада без данных измерений; если вы включаете данные измерений. Мы рекомендуем использовать графический интерфейс Pmag вместо. MagIC GUI позволяет добавлять данные на уровне местоположения, сайта. Образца и образца. Вы также можете добавить результаты и возраст. Программа использует сеточный интерфейс. Подобный Excel. Для ввода и редактирования данных. Полезные функции включают в себя: всплывающие меню с управляемыми словарями. Вставку нескольких ячеек из внешних электронных таблиц и встроенные проверки требований к базе данных MagIC. Примечание: магия_gui.py использует текущую модель MagIC data model 3.0. Для работы с устаревшими данными в формате 2.5 вместо этого следует использовать magic_gui2.py… Учебник ниже был написан специально для старой магии_gui2.py но скоро будут дополнены иллюстрациями и инструкциями от магии_gui.py. Эти две программы работают почти одинаково. Поэтому учебник все равно должен указывать вам правильное направление. Даже если вы работаете с данными 3.0.

4.1 Начиная с волшебного графического интерфейса

Запустите волшебный графический интерфейс. Вы сделаете это. Нажав на значок (если вы скачали автономную версию) или введя ‘magic_gui.py’ в командной строке (если вы загрузили полную установку PmagPy). Если вы используете Anaconda Python. То вместо этого наберете в командной строке .

Когда вы впервые начинаете волшебство_gui.py, вы измените каталоги на Для каждого исследования создайте каталог с именем. Относящимся к этому исследованию. Здесь мы будем называть его MyProject. Здесь вы соберете и обработаете все горные породы и палеомагнитные данные для данного исследования. Как правило. Публикации. Имя каталога проекта не должно иметь ПРОБЕЛОВ и должно быть помещено на жесткий диск в месте. Где нет пробелов в пути. В некоторых версиях Windows это означает. Что вы не должны использовать свой домашний каталог. А создать каталог с именем, например: D:MyPmagProjects и put Мой проект там.

ФИЛЬМ

4.2 Пример набора данных MagIC GUI

Теперь мы пройдем через простой процесс ввода данных с поддельными данными.

  • Начните с нажатия кнопки Введите данные о местоположении. Как показано ниже. Обратите внимание на использование контекстного меню: в большинстве случаев они предоставляют управляемые словари. ФИЛЬМ
  • Вы заметите. Что некоторые сведения не заполнены. Во-первых, если у вас нет внешних цитат. Вы можете оставить поле Во-вторых. Если вы будете предоставлять широту/долготу для сайтов. То вам не нужно предоставлять их на уровне местоположения. Программа извлечет начните и завершите широту и долготу с данных вашего сайта и примените их к каждому местоположению.
  • Если вы хотите предоставить больше информации. Чем требуется по умолчанию. Вы можете добавить больше столбцов в свою сетку. В нашем случае мы добавим Для этого достаточно нажать кнопку Выберите любые заголовки. Которые вы хотите добавить. И нажмите кнопку

    ФИЛЬМ

  • Теперь у вас будет новая колонка с новой контролируемой лексикой. Найдите и выберите
  • Далее мы добавим сайты. Поэтому начните с открытия сетки сайта. У нас будет два сайта в этом наборе данных. Поэтому нажмите кнопку Затем заполните сетку. Для некоторых значений оба сайта будут иметь одинаковое значение. Чтобы предоставить эти данные более эффективно. Нажмите на метку столбца. Чтобы отредактировать все значения в этом столбце. Если в этом столбце есть меню. Вы можете щелкнуть в любом месте этого столбца и сделать выбор для каждой ячейки в столбце. После того, как вы закончите редактирование столбца. Нажмите на заголовок еще раз. Чтобы выйти из режима редактирования нескольких ячеек.
  • Для управляемых столбцов словаря. Таких как В этом случае большинство контролируемых словарей предоставляют опцию

    ФИЛЬМ

  • Как только вы закончите добавлять сайты. Сохраните и закройте сетку сайтов. А затем откройте примерную сетку. Введите данные как показано ниже:

    ФИЛЬМ

    Все остальные необходимые данные будут заполнены автоматически. Если вы не предоставите данные широты и долготы для образца. Он будет распространяться вниз с сайта после сохранения и закрытия сетки.

  • Для выборок мы добавим дополнительную статистику. Нажмите кнопку Выберите ’ОК’ и посмотрите на свою новую сетку. Вы заметите. Что выбранный вами столбец был добавлен. А также два дополнительных столбца: Эти два столбца необходимы. Если вы включаете какие-либо данные интерпретации на уровне выборки. Заполнить добавлены столбцы. Вы заметите. Что Если вы не знакомы с системой магических кодов. Нажмите кнопку

    ФИЛЬМ

  • Сохраните и закройте примерную сетку. А затем снова откройте ее. Чтобы увидеть. Как распространились данные (повторное открытие сетки не обязательно для программы. Это просто для вас. Чтобы увидеть. Что MagIC GUI делает автоматически).

    ФИЛЬМ

  • В этом примере мы не будем добавлять данные на уровне образцов. Поэтому пропустим шаг 4. Добавление образцов работает так же. Как добавление образцов.
  • Теперь откройте возрастную сетку. Вы можете назначить возраст на любом уровне. На нескольких уровнях или ни на одном уровне. Для этого исследования мы добавим возраст на уровне выборки. Выберите выборку в качестве возрастного уровня. Затем вам нужно будет добавить в колонку Заполните сетку. Как показано ниже:

    ФИЛЬМ

  • Вы заметите. Что вы не можете добавлять или удалять строки в этой сетке. Если вы хотите добавить дополнительный образец. Вам нужно будет вернуться к сетке образцов. Чтобы сделать это.
  • Последний шаг данных — это ввод информации о результате. Вам нужно будет открыть таблицу результатов и для этого примера добавить только одну статистику: Затем заполните сетку:

    ФИЛЬМ

  • Для каждого результата вы добавите один или несколько элементов. К которым относится результат. В этом примере одним результатом является сайт V[A]DM. А другим-усредненный V[A]DM с обоих сайтов. Пока оставьте пустым magic_method_codes для усредненного результата V[A]DM: через минуту мы увидим. Как MagIC GUI ловит эту ошибку. Сохраните и закройте сетку результатов.
  • Затем вы создадите файл загрузки в формате MagIC. Нажмите последнюю кнопку на главном фрейме. В зависимости от размера вашего вклада это может занять минуту; с нашим небольшим примером это должно быть довольно быстро. После нажатия upload. Вы увидите сообщение об ошибке. И основной кадр направит вас к проблеме. Проверки будут проверять наличие отсутствующих обязательных полей. Недопустимых данных и отсутствующих предков (например. Образец без образца).

    ФИЛЬМ

    Откройте сетку результатов. Чтобы исправить ошибку. Нажмите ‘Показать справку’ для получения дополнительной информации о проверке. В этом случае это простое исправление: добавьте код метода

    ФИЛЬМ

  • Теперь, когда вы исправили свою ошибку. Попробуйте еще раз На этот раз не должно быть никаких проблем. И вы готовы загрузить свои данные!

5.1 . demag_gui.py

Графический интерфейс Demag (demag_gui.py) программа позволяет отображать и анализировать данные палеомагнитного размагничивания. Программное обеспечение будет отображать данные уровня образца в выбранном каталоге в виде графика Зейдервельда. Графика равной площади и графика интенсивности. Интерпретации могут быть сделаны для данных в виде линий наименьших квадратов или плоскостей. Средние направления могут быть рассчитаны и отображены для этих интерпретаций. Эти интерпретации могут быть экспортированы в виде магических таблиц.

Запуск

Лучший способ запустить приложение Demag GUI-это запустить его через графический интерфейс Pmag. Если вы установили PmagPy с помощью pip (или завершили установку разработчика). Вы можете запустить ‘pmag_gui.py-в командной строке. Чтобы запустить его. Пользователи Anaconda вместо этого будут использовать ‘pmag_gui_anaconda’.

Чтобы использовать графический интерфейс Demag. У вас должен быть файл измерений MagIC format. Вы можете конвертировать другие лабораторные форматы в формат MagIC в графическом интерфейсе Pmag. Нажмите на шаг 1 в графическом интерфейсе Pmag GUI, чтобы импортировать все ваши файлы. А затем объединить их в ‘measurements.txt’ файл (и, возможно. Образец, образец. Сайт и файлы местоположения также). После того как вы конвертировали все свои файлы. Нажмите на кнопку Demag GUI в Pmag GUI.

Если вы хотите запустить графический интерфейс Demag напрямую (предполагая, что PmagPy был правильно установлен с помощью pip или установки разработчика). Вы можете просто ввести ‘demag_gui.py-в командной строке. Вместо этого пользователи Anaconda наберут

ФИЛЬМ

Графический интерфейс Demag также можно запустить через командную строку. Перейдя в каталог. Содержащий demag_gui.py и запускает его с помощью:

% python ./demag_gui.py

Добавление и редактирование интерпретаций образцов:

Чтобы добавить новую посадку. Нажмите кнопку (Для пользователей Mac все горячие клавиши используют командную кнопку вместо Ctrl.) Если для текущего образца подгонка еще не создана. Вы добавляете новую подгонку. Дважды щелкнув по двум измерениям в списке измерений слева или дважды щелкнув по точкам данных на графике Зийдервельда. Вы можете управлять несколькими подгонками для одного и того же образца. Переключаясь между ними с помощью раскрывающегося меню под кнопкой добавить подгонку. После того как вы выбрали подгонку. Форма конечных точек выбранной подгонки превратится в ромбовидные фигуры на всех графиках. отличите их от других точек данных. Кроме того, можно добавлять интерпретации в массе с помощью инструмента редактора интерпретаций, описанного ниже.

ФИЛЬМ

Как только желаемая подгонка выбрана. Ее границы можно отредактировать с помощью раскрывающихся списков под заголовком bounds.

ФИЛЬМ

Другой способ изменить границы-дважды щелкнуть список шагов измерения в списке слева. Включенные шаги в выбранную в данный момент интерпретацию выделяются синим цветом в списке измерений. А измерения. Помеченные как “плохие”. Выделяются красным цветом. Плохие измерения могут быть помечены и не помечены щелчком правой кнопки мыши на них (это изменение занимает некоторое время. Чтобы появиться, см. Подробнее Ниже). В случае повторяющихся измерений первое хорошее измерение с той же обработкой используется в качестве привязки. Все точки между выбранными границами. Помеченные как хорошие (то есть не помеченные как плохие и отмеченные красным цветом). Включая повторяющиеся измерения. Будут включены в интерпретируемую подгонку.

ФИЛЬМ

Наконец, вы можете выбрать границы интерпретации непосредственно на графике Зийдервельда. Наведя курсор мыши на измерение (оно должно измениться на форму руки) и дважды щелкнув.

При первом создании fit будет присвоено общее имя. Например Fit 1. Имя fit можно изменить по умолчанию. Введя его в раскрывающееся поле. Содержащее имя fit. Тип подгонки по умолчанию-линия наименьших квадратов. Вы можете выбрать различные подгонки. Такие как линия. Привязанная к началу координат. Или плоскость. Используя раскрывающееся меню в поле Плоскостные подгонки могут быть построены как полюсы. Полные плоскости. Частичные плоскости. Векторы наилучшего соответствия или векторы наилучшего соответствия и полная плоскость (Примечание: плоские полюсы будут отображаться как квадраты. А векторы наилучшего соответствия будут отображаться как боковые треугольники). высокий уровень среднего участка). Этот параметр отображения можно изменить во втором раскрывающемся меню в поле

ФИЛЬМ

Свойства выбранного в данный момент соответствия данным можно увидеть в верхнем центре графического интерфейса в поле с надписью

ФИЛЬМ

Удаление интерпретаций образцов

Если вы хотите удалить одну интерпретацию. Выберите ту. Которую вы хотите удалить из раскрывающегося меню интерпретация и нажмите ‘удалить fit’. Если вы хотите очистить все интерпретации. Вы можете перейти в редактор интерпретаций, расположенный в меню “Сервис”. Выбрать подходящие для удаления и нажать кнопку

Изменение образца. Системы координат и направления Зейдервельда:

Вы можете переключить текущий образец. Нажав следующую или предыдущую кнопку под полем образец в боковой панели (горячая клавиша: ctrl-right и ctrl-left соответственно). Вы также можете выбрать образец из выпадающего меню или ввести название образца непосредственно в поле образец и нажать клавишу enter. Чтобы перейти непосредственно к этому образцу. Наконец, вы можете дважды щелкнуть по любой из точек на более высоком уровне. Чтобы перейти непосредственно к этому образцу и интерпретации.

Выбор между системами координат (например. Образец. Географический или с поправкой на наклон) доступен слева над списком измерений. Список данных и графики будут обновлены. Чтобы отразить выбранную систему координат.

Вы можете изменить ось X графика Zijderveld. Используя поле Параметры графика Zijderveld. Чтобы установить X=North. East или NRM dec (находится над списком измерений).

ФИЛЬМ

Пометка Неверных Данных Измерений

Из-за скачков потока или других подобных ошибок отдельные измерения иногда следует исключать из интерпретации. Такие измерения можно пометить как “плохие”. Щелкнув их правой кнопкой мыши в списке измерений. И тогда измерение будет выделено красным цветом. Кроме того, вы можете дважды щелкнуть правой кнопкой мыши на точке. Которую вы хотите сделать плохой на графике Зейдервельда. Чтобы переключить ее плохо. measurement_flag в файле magic_measurements будет изменен с “g” на “b”. Когда измерение помечено как плохое. Шаг не будет включен в fits that вносятся в данные. Любое измерение. Отмеченное как плохое. Будет окрашено в красный цвет в списке шагов и будет показано как пустой. А не заполненный круг на графиках Zijderveld. Equal area и M/M_0. Чтобы изменить плохое измерение обратно на хорошее. Можно снова щелкнуть по нему правой кнопкой мыши. После этого красная подсветка исчезнет. Данные будут показаны цветными внутри графиков. И любая подгонка. Охватывающая эту точку данных. Будет пересчитана. Чтобы включить ее.

Критерии приемки можно задать с помощью пункта меню [Анализ] [Критерии приемки] [Изменить критерии приемки]. Эти критерии будут записаны в criteria.txt стол. Затем эти критерии могут быть использованы для исключения интерпретаций. Которые не соответствуют этим критериям при экспорте.

Интерфейс графика

Четыре эпюры. Которые занимают большую часть центра графического интерфейса. Являются тем местом. Где отображаются данные и их интерпретации. Все графики изначально настроены на режим масштабирования. И это обозначается крестообразным курсором при наведении на них мыши. Чтобы увеличить масштаб. Просто нажмите и перетащите прямоугольник в нужную область. Вы можете переключиться в режим панорамирования. Щелкнув правой кнопкой мыши на любом из графиков. А затем щелкнув и перетащив. Будете перемещаться по графику. Наконец, чтобы вернуться к исходному уровню масштабирования и положению графика. Просто нажмите среднюю кнопку мыши. Чтобы вернуться домой. Примечание: При отсутствии средней кнопки мыши нажатие как правой. Так и левой кнопок мыши одновременно работает на большинстве ноутбуков. В случае ноутбуков Mac щелчок двумя пальцами может сработать. Если это не так. Вам нужно будет переключиться на другой образец или изменить границы интерпретации. Чтобы заставить фигуру перезагрузиться.

На графике Zijderveld у вас есть дополнительная возможность выбрать границы текущей интерпретации. Дважды щелкнув на точке измерения. Вы также можете дважды щелкнуть правой кнопкой мыши на точке измерения на графике zijderveld. Чтобы отметить ее плохо (этот второй вариант может работать не во всех системах).

На участках равной площади. Как для образца. Так и для высокоуровневых средств. Вы можете дважды щелкнуть по любой интерпретации. Чтобы сразу переключиться на этот образец и интерпретацию.

Сохранение Интерпретаций Образцов

После того как вы выбрали свои интерпретации. Вы можете сохранить данные сеанса двумя различными способами: (1) в виде файла .redo. Который позволит вам сохранить fits для повторного просмотра с помощью графического интерфейса Demag. Или (2) в виде магических таблиц (на уровне образца/образца/сайта). Которые будут загружены в базу данных MagIC или обработаны иным образом. Кроме того, вы можете сохранить файлы изображений участков.

Файл .redo: Вы можете использовать опцию меню [Файл] [Сохранить текущие интерпретации в файл повтора] чтобы создать этот тип файла. Вы можете просто нажать кнопку сохранить рядом с надписью Добавить подгонку или использовать горячую клавишу ctrl-s. Преимущество типа файла .redo заключается в том. Что он предназначен для сохранения вашего места при анализе большого набора данных. Загрузка файла повтора перезагрузит все ранее созданные интерпретации любые специальные цвета назначенные им и приведет вас к образцу на котором вы сохранили файл повтора продолжайте с того места. Где вы остановились. Примечание: Этот тип файла НЕ загружает предыдущие интерпретации при запуске вы должны перейти в пункт меню [Файл] [Импорт предыдущих интерпретаций из файла повтора] (горячая клавиша: ctrl-r). Чтобы восстановить предыдущую сессию.

Магические таблицы: Перейдя в меню [Файл] [Сохранить магические таблицы]. Вы можете экспортировать свои интерпретации. Сделанные в графическом интерфейсе Demag. В магические таблицы. Которые затем могут быть использованы другими магическими программами или загружены в магическую базу данных. Выбрав этот параметр. Вы можете экспортировать любую или все три системы координат. А также сохранить таблицы образцов и участков в дополнение к выводимой таблице образцов. Если вы решите вывести дополнительную информацию. Вам будет предложено всплывающее окно для получения дополнительной информации. Примечание: Этот формат сохранения загружается при запуске графического интерфейса. Немедленно восстанавливая ваши интерпретации. При выборе этой опции файл demag_gui.redo будет перезаписан в рабочем каталоге.

Изображения участков: Выберите пункт меню [Файл] [Сохранить участок] [Сохранить все участки]. Чтобы сохранить все участки. Или вы можете сохранить любой из участков по отдельности. Если вы увеличите или переместите любой из графиков. Сдвинутое изображение будет сохранено. А не первоначально нанесенное изображение (хотя график будет перерисован и сброшен к исходному изображению в графическом интерфейсе).

Интерпретация образца флага Хорошая или плохая

Вы можете отметить текущую интерпретацию образца (отмеченную крупными бриллиантами на всех участках) хорошей или плохой. Используя опцию меню [Анализ] [Интерпретация флага]. Список интерпретаций в редакторе интерпретаций инструмент графического интерфейса Demag также можно использовать для переключения интерпретаций good или bad таким же образом. Как измерения могут быть помечены good или bad в списке измерений. Щелкнув правой кнопкой мыши на записи. Которую вы хотите переключить. Это изменит форму интерпретации на маленький ромб на всех графиках. Уберет ее из использования в любых средствах более высокого уровня и пометит запись result_quality

Ориентация образца

Вы можете проверить ориентацию образца с помощью опции меню [Анализ] [Ориентация образца] [Проверка ориентации образца] (горячая клавиша: ctrl-o). Эта функция установит ваши средние параметры для фишера всех компонентов на текущем уровне сайта и отобразит неправильную стрелку (треугольник вверх). Неправильный компас (треугольник вниз) и повернутую выборку для декланации на 5 градусов (пунктирный круг). Это позволяет проверить правильность ориентации образца и. Таким образом. Может быть использовано в анализе. Если вы определяете текущую ориентацию образца как плохую. Вы можете отметить ее как таковую с помощью опции меню [Анализ] [Ориентация образца] [Отметить образец плохо] (горячая клавиша: ctrl-.). Это изменит флаг sampleorientationflag в файле ersamples на b, а не g. И не позволит вам пометить образец как хороший в этом образце. Чтобы вы не использовали неправильно ориентированные данные в своих окончательных результатах. Если позже вы поймете. Что это была ошибка. Вы можете снова отметить ориентацию образца хорошей. Используя [Analysis] [Sample Orientation] [Mark Sample Good] (горячая клавиша: ctrl -,). Наконец, чтобы отключить данные check sample Orientations. Просто снова выберите опцию [Check Sample Orientations]. И она будет удалена. Примечание: Текущий образец задается как образец текущего образца.

ФИЛЬМ

Высокий уровень Означает Сюжет и статистику

Набор выпадающих окон справа от данных интерпретации предназначен для определения уровня. Который вы хотите проанализировать на графике средних высокого уровня. И сгруппированы в поля Отображения Уровня и Средних параметров.

ФИЛЬМ

Поля Уровня отображения состоят из верхнего раскрывающегося меню. Которое позволяет выбрать уровень. На котором отображаются интерпретации. А именно все интерпретации в текущем режиме: образец, участок. Местоположение или исследование. В нижнем раскрывающемся меню можно выбрать текущий образец. Сайт, местоположение или исследование.

Верхнее раскрывающееся меню в поле Параметры среднего значения позволяет вам выбрать. Какое среднее значение вы хотели бы получить для компонентов образца. Отображаемых в данный момент. Нижнее раскрывающееся меню позволяет выбрать. Какие компоненты образца будут отображаться. Позволяя отображать Все компоненты. Отсутствие компонентов или любой отдельный компонент.

Средняя статистика для выбранного среднего значения высокого уровня отображается в правом нижнем углу графического интерфейса и может циклически перемещаться с помощью кнопок со стрелками рядом с полями статистики в случае нескольких средних значений высокого уровня.

Можно включать и выключать отображение любого из средств в графике высокого уровня. Что может быть полезно в случае загроможденного графика всех компонентов. Это можно сделать. Перейдя в пункт меню [Анализ] [Переключить Среднее отображение] и выбрав имя компонента. Который вы хотите переключить.

Все интерпретации. Отмеченные плохо. Будут отображаться как маленькие алмазы независимо от типа на высокоуровневом среднем участке. Ниже приведены примеры для ряда плоских вариантов отображения плохих интерпретаций (символы в сторону). Наиболее подходящих векторов к средним (боковые треугольники). Плоских полюсов (квадраты) и самих плоскостей.

ФИЛЬМ

Редактор интерпретации

Для более легкого просмотра и редактирования данных интерпретации образца есть редактор интерпретации образца. Который может быть запущен с помощью опции меню [Инструменты] [Редактор интерпретации] (горячая клавиша: ctrl-e). Примечание: Если вы хотите получить больше помощи. Чем указано здесь. Редактор интерпретации имеет в контекстной справке то же самое. Что и основной графический интерфейс, см. Дополнительную справку для получения дополнительной информации.

Список интерпретаций: Эта панель содержит список. В котором подробно описываются подгонки данных и их параметры. Из которых вы можете выбрать интерпретацию для просмотра. Дважды щелкнув по ней. В списке выбранная в данный момент интерпретация выделена синим цветом. Как показано на рисунке ниже. Вы можете пометить интерпретации как плохие. Что удалит их из любого средства Фишера или другого средства высокого уровня. Щелкнув правой кнопкой мыши на их записи в списке. Все интерпретации. Отмеченные как плохие. Окрашены в красный цвет в списке и помечены как маленький бриллиант на графике. Запись образца связанный с этим fit будет дан плохой (‘b’) флаг в таблице образцов. Вы можете искать интерпретации с помощью строки поиска над списком. Наконец, интерпретации можно выделить. Щелкнув по списку и удерживая клавишу shift или ctrl/command. Чтобы выбрать несколько интерпретаций.

Кнопки и поля: Выделение записей позволяет удалять или изменять характеристики нескольких интерпретаций одновременно. Не выбирая каждую из них по очереди. Это массовое изменение допустимо с помощью полей Имя/Цвет/Границы для ввода изменений. А затем с помощью кнопки “применить изменения к выделенным подгонкам”. Вы можете удалить выделенные припадки с помощью кнопки “удалить выделенные припадки”. Кнопка “добавить подгонку к выделенным образцам” в редакторе интерпретации добавляет подгонку ко всем выделенным образцам в списке слева. Вы можете использовать функцию “добавить новую подгонку ко всем образцы“ как удобный вариант для добавления новой интерпретации со всеми атрибутами. Описанными в приведенных выше полях Имя/Цвет/Границы. К каждому образцу с данными измерений. Это полезный метод для быстрого анализа нового набора данных путем проверки компонентов между общими шагами разблокировки. Такими как предоставление каждому образцу общей интерпретации магнетита. Выводящей о том. Где это должно быть (например. Границы=300C-580C, имя=MAG. Цвет=фиолетовый).

Дополнительные опции High Level Means: Редактор интерпретации также позволяет отображать среднюю площадь и выборочные средние в качестве основных точек на графике high level mean. Изменяя нижний левый раскрывающийся список опций отображения. Программа еще не позволяет брать средние значения Фишера выборочных средних или средних по участку. Поэтому поле тип среднего будет вынуждено читать ”Нет”. Если эта опция будет изменена с образцов.

ФИЛЬМ

VGP Viewer

Еще одним инструментом. Предлагаемым графическим интерфейсом Demag GUI. Является VGP (Virtual Geomagnetic Pole) Viewer. Который позволяет просматривать ваши VGPS перед экспортом в MagIC tables. Примечание: это недоступно в автономных исполняемых файлах.

Просмотрщик VGP можно открыть с помощью пункта меню [Сервис] [Просмотр VGPs] (горячая клавиша: ctrl-shift-v). Зрителю требуются данные широты и долготы для сайтов и местоположений. Чтобы вычислить все VGPS из интерпретаций образцов. Если эти данные еще не содержатся в магических таблицах. Импортированных при запуске графического интерфейса. То они будут запрошены во время расчета. Так что будьте готовы. VGP viewer позволяет выбрать просмотр образцов. Сайтов или местоположений VGPS из раскрывающегося меню вверху. Графические взаимодействия здесь такие же. Как и в основном графическом интерфейсе. И их можно масштабировать. Панорамировать и выбирать точки таким же образом. манера. Список слева показывает все данные для отображаемых в данный момент VGPS.

ФИЛЬМ

Коробка текущих предупреждений

Белое поле в дальнем правом верхнем углу графического интерфейса содержит соответствующие предупреждения об аспектах текущего образца и интерпретации. Таких как отсутствующие данные или дубликаты данных. И может быть полезно при отладке и анализе.

Дополнительная Помощь

Наконец. Если вам нужна дополнительная помощь в работе с графическим интерфейсом Demag. Он предлагает контекстную помощь с помощью опции меню [Help] [Usage and Tips] (горячая клавиша: ctrl-h). Которая изменит ваш курсор. А затем позволит вам нажать на любой аспект графического интерфейса. С которым вы хотите получить помощь. В большинстве случаев появится желтое всплывающее окно с информацией. Хотя не все функции имеют информацию.

ФИЛЬМ

5.2 thellier_gui.py

[Основы Глава 10] и [Магия] [Thellier_GUI_full_manual.pdf]

Программа Thellier GUI (Телье _gui.py ) сочетает в себе функции из thellier_magic.py и новые инструменты. Описанные Shaar и Tauxe (2013) в удобном графическом интерфейсе пользователя (GUI).

Как и в случае с графическим интерфейсом Demag . Графический интерфейсThellier может быть вызван из командной строки или из графического интерфейса Pmag.

Чтобы запустить графический интерфейс Thellier самостоятельно. Найдите свою командную строку и введите:

thellier_gui.py

Если вы используете Anaconda Python. Вы будете использовать:

thellier_gui_anaconda

После открытия Thellier GUI загружает файлы. Уже подготовленные в этом каталоге проекта. И интерпретации из Thellier GUI являются частью рабочего процесса Pmag GUI. Этот раздел представляет собой краткое введение о том. Как использовать графический интерфейс Thellier в качестве автономного приложения. Гораздо более подробная информация доступна в этом руководстве: Thellier GUI full manual.

Полный список определений статистики палеоинтенсивности, используемых GUI Thellier, доступен в качестве дополнения к статье Paterson et al., 2014 и доступен для скачивания здесь:

http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1002/2013GC005135/asset/supinfo/ggge20412-sup-0001-suppinfoCORRECTED.pdf?v=1&s=e1c3ab0a86c942d1039f6d2e15496aa172dc86ec

После запуска программы. Как только графический интерфейс будет запущен. Появится диалоговое окно “Выбрать каталог проекта”. Ваш каталог ThisProject должен включать файл с именем magic_measurements.txt (создан, например , графическим интерфейсом Pmag. Если файл с именем rmag_anisotropy.txt находится в каталоге проекта. Затем программа считывает данные анизотропии. Чтение и обработка файлов измерений может занять несколько секунд. В зависимости от количества образцов.

Чтение и компиляция данных измерений

Когда выбран каталог проекта ThisProject. Программа считывает все данные измерений. Проверяет их. Обрабатывает и сортирует. Если нелинейные-TRM (NLT) данные существуют в магии_measurement.txt затем программа пытается обработать данные с помощью уравнений (1)-(3) в Shaar et al., 2010. Программа гласит measurement.txt, и обрабатывает измерения для представления в виде графиков Араи и Зийдервельда. Мы рекомендуем вам проверить все предупреждения и ошибки в файле Thellier_GUI.log прежде чем приступить к интерпретации данных. Для получения подробной информации о предупреждениях и сообщениях об ошибках во время выполнения этих шагов обратитесь к учебному документу в папке thellier_GUI в data_files. Кроме того, обратитесь к Настройкам. Чтобы изменить некоторые параметры построения графика.

Главная панель

На этом рисунке показан снимок главной панели.

ФИЛЬМ

В верхнем поле панели находятся следующие кнопки/элементы управления (слева направо):

  • Образец: список образцов в папке проекта. Отсортированных по имени.
  • предыдущий/следующий: кнопки для перемещения вперед и назад в списке образцов.
  • T min/T max: кнопки для выбора температурных границ.
  • save/delete: сохранить или удалить текущую интерпретацию. Эта информация будет использована позже для создания файла повтора.
  • B_lab: лабораторное поле в единицах мкт.
  • B_anc: палеоинтенсивность образца в единицах мкТл.
  • Коррекция Анизо: поправочный коэффициент анизотропии.
  • Коррекция NLT: Нелинейный поправочный коэффициент TRM (NLT).
  • Dec/Inc: Склонение/наклон образца. Рассчитанный PCA NRM в выбранных температурных границах.
  • Среднее значение выборки. Количество образцов. Стандартное отклонение и процентное стандартное отклонение.

В центре главной панели расположены следующие элементы:

  • текстовая панель измерений: Четыре столбца данных измерений: Шаг “N“ для NRM. “Z“ для шага нулевого поля. “I“ для шага внутреннего поля. “P“ для проверки pTRM и Температура каждой ступени задается в С. Также показаны склонение. Наклон и момент (в единицах Am2)
  • Участок Араи: участок Араи нормализован на NRM0. синие круги-это шаги нулевого поля. Красные круги-шаги внутри поля. Треугольники-проверки пТРМ. Синие квадраты-проверки хвоста. Температуры отображаются вблизи точек данных. Температурные границы и линия наилучшего соответствия отмечены зеленым цветом. ’SCAT box’ помечается пунктирными линиями (только если SCAT True).
  • Zijderveld plot: Zijderveld plot шага NRM. Ось x повернута в направлении NRM. Синий-проекция x-y. А красный-проекция x-z.
  • Участок равной площади: проекции равной площади шагов NRM. сплошные круги-это положительный наклон. открытые круги-это отрицательные наклонности.
  • График момент-температура: NRMs-синим цветом. PTRMs-красным.
  • выборочные данные: Если по крайней мере два образца имеют сохраненную интерпретацию. То их значения отображаются на этом графике. Среднее ± стандартное отклонение среднего отмечены горизонтальными линиями.

В нижней части основной панели находится статистика палеоинтенсивности. Первая строка имеет пороговые значения (пустые, если N/A). Вторая строка-статистика образца. Подробнее см. Приложение A1 в Shaar and Tauxe (2013).

Ряд программ в PmagPy был разработан для того. Чтобы использовать преимущества волшебной базы данных и помогать получать данные в нее и из нее. Итак, нам нужно некоторое базовое понимание того. Что такое магия и как она структурирована. МагИЯ — это часть EarthRef.org сбор баз данных и цифровых справочных материалов. Любой кто интересуется магической базой данных должен сначала стать зарегистрированным пользователем EarthRef.org пользователь. Для этого перейдите по ссылке http://earthref.org и нажмите на ссылку Зарегистрироваться в Верхнем меню Регистрация не требуется для доступа к данным или просмотра вокруг. Но требуется для загрузки данных в базу данных MagIC. Что мы искренне надеемся. Что у вас будет шанс сделать . После регистрации перейдите по ссылке http://earthref.org/MAGIC/search.

Вы можете загрузить данные с помощью веб-сайта MagIC search. После загрузки данные можно распаковать и изучить с помощью различных инструментов пакета PmagPy. Например с помощью графического интерфейса Pmag.

Палеомагнитные и скальные магнитные данные собираются и анализируются самыми разнообразными способами с различными целями. Наборы данных могут быть чрезвычайно большими или могут быть самыми простыми сводками данных. Опубликованными в устаревших таблицах данных. Цель MagIC состояла в том. Чтобы иметь гибкость. Позволяющую использовать весь спектр данных. Включая устаревшие данные из публикаций или других баз данных. Для новых исследований. Которые включают в себя все измерения. Полевые фотографии. Методологию и т. Д. Общая процедура на будущее будет заключаться в архивировании данных одновременно с их публикацией. Итак, чтобы сгладить путь. Желательно поместить ваши данные в магический формат как можно раньше. Все данные, поступающие в базу данных. Должны быть преобразованы в стандартный магический формат либо в виде набора магических таблиц. Либо в виде одного комбинированного текстового файла. Затем они могут быть загружены в базу данных MagIC.

6.1 Структура таблиц базы данных

Волшебная база данных организована вокруг ряда таблиц данных. Полную модель данных можно найти здесь: https://www2.earthref.org/MagIC/data-models/3.0

Первая строка каждой волшебной таблицы выглядит примерно так:

tab table_name

“tab” (или “tab delimited”) означает. Что таблица разделена табуляцией. Теоретически возможны и другие разделители, но PmagPy использует только форматы с разделителями табуляции. Имя таблицы должно быть одним из этих девяти имен таблиц.



стол Краткое описание


вклад метаданные исследования
Адреса данные уровня местоположения
Сайты данные уровня сайта. Включая географическую информацию. Средние значения выборочных данных сайта и т. Д.
образцы данные об уровне выборки. Включая ориентацию. Методы выборки. Средние значения выборочных данных и т. Д.
образцы данные уровня образцов, включая интерпретации наиболее подходящих линий, плоскостей. Палеоинтенсивности и т. Д.


измерения данные измерений. Использованные в исследовании
вечность информация о возрасте.
критерий критерии, используемые в исследовании для отбора данных
Изображения изображения. Связанные с исследованием




Вторая строка каждой волшебной таблицы содержит заголовки столбцов (метаданные). Описывающие включенные данные. Например, таблица сайтов может выглядеть следующим образом:







вкладка сайты
Сайт Расположение литология geologic_types широта лон
AZ01 Азорские острова базальт лавовый поток 37.80 -25.80






Хотя данные можно вводить непосредственно в электронные таблицы Excel вручную. Гораздо проще генерировать необходимые таблицы как побочный продукт обычной обработки данных. Не зная подробностей метаданных и кодов методов. В разделе, посвященном PmagPy, описывается. Как использовать программное обеспечение PmagPy для анализа данных и автоматически генерировать таблицы магических данных для наиболее распространенных палеомагнитных исследований. Включающих направления и/или палеоинтенсивности. См. Также графический интерфейс Pmag.

6.2 Несколько слов о кодах методов

Волшебная база данных помечает записи “кодами методов” — короткими кодами. Описывающими различные методы. Связанные с конкретной записью данных. С полным списком можно ознакомиться здесь: https://earthref.org/MagIC/method-codes. Большую часть времени вам не нужно знать. Что это такое (их более сотни!). Но полезно знать что-то о них. Они разделены на несколько общих категорий. Таких как Коды методов начинаются с нескольких букв. Которые обозначают категорию (например. GM или FS для геохронологии и выборки полей соответственно). Затем есть вторая часть и, возможно. Также третья часть для описания методов с меньшей или большей детализацией. В этой таблице перечислены коды методов. Описывающие различные методы лабораторной обработки. Чтобы дать вам представление о том. Как работают коды:




LT-AF-D Лабораторное Лечение Переменное поле: Двойное размагничивание
с АФ вдоль измерения X,Y,Z
с последующим измерением АФ вдоль -X,-Y,-Z
LT-AF-G Лабораторное Лечение Переменное поле: Тройное размагничивание
с АФ вдоль Y,Z,X измерения
с последующим измерением АФ вдоль Y и АФ вдоль Z
LT-AF-I Лабораторное Лечение Переменное поле: В лабораторном поле
LT-AF-Z Лабораторное Лечение Переменное поле: В нулевом поле
LT-CHEM Лабораторное Лечение Очистка пористых пород химическим выщелачиванием HCl
LT-FC Лабораторное Лечение Образец охлаждается включенным лабораторным полем
LT-HT-I Лабораторное Лечение Высокотемпературная обработка: В лабораторных условиях
LT-HT-Z Лабораторное Лечение Высокотемпературная обработка: В нулевом поле
LT-IRM Лабораторное Лечение IRM, передаваемый образцу перед измерением
ЛТ-ЛТ-Я Лабораторное Лечение Низкотемпературная обработка: В лабораторных условиях
ЛТ-ЛТ-З Лабораторное Лечение Низкотемпературная обработка: В нулевом поле
LT-M-I Лабораторное Лечение Использование микроволнового излучения: В лабораторных условиях
LT-M-Z Лабораторное Лечение Использование микроволнового излучения: В нулевом поле
ЛТ-НЕТ Лабораторное Лечение Никакие обработки не применялись до измерения
LT-NRM-APAR Лабораторное Лечение Нагрев и охлаждение образцов: Лаборатория
поле антипараллельно вектору NRM
LT-NRM-PAR Лабораторное Лечение Нагрев и охлаждение образцов: Лаборатория
поле, параллельное вектору NRM
LT-NRM-ПРЕСТУПНИК Лабораторное Лечение Нагрев и охлаждение образцов:
Лабораторное поле перпендикулярно вектору NRM
LT-PTRM-I Лабораторное Лечение Проверка хвоста pTRM: После шага нулевого поля,
выполняем в поле охлаждения
LT-PTRM-MD Лабораторное Лечение Проверка хвоста пТРМ: После в шаге поля лаборатории,
выполните охлаждение нулевого поля при той же температуре
LT-PTRM-Z Лабораторное Лечение Проверка хвоста пТРМ: После в шаге поля лаборатории,
выполните охлаждение нулевым полем при более низкой температуре
ЛТ-Т-И Лабораторное Лечение Охлаждение образцов: В лабораторных условиях
LT-T-Z Лабораторное Лечение Охлаждение Образца: В нулевом поле
LT-VD Лабораторное Лечение Вязкое размагничивание с применением МЮ-металлического экранирования
LP-X Лабораторное Лечение Восприимчивость
LT-ZF-C Лабораторное Лечение Охлажденное нулевое поле. Низкая температура
LT-ZF-CI Лабораторное Лечение Нулевое охлажденное поле. Индуцированное М. Измеренное при нагревании



6.3 Загрузка в MagIC

Для загрузки в базу данных все отдельные таблицы могут быть собраны в один файл. Каждый персональных данных таблицы отделена от следующей серией ‘>>>>>>>>>>’ символов. Так что типичный загрузить файл может выглядеть так:

вкладку
location_type цитаты lat_n lon_e расположение lat_s lon_w
сверла сайте этого исследования 19.0 156.0 801C 19.0 156.0
сверла сайте этого исследования 19 156 801 19 156
>>>>>>>>>>
вкладка образцы
ссылок литологического строения территории образец geologic_types geologic_classes
это исследование подводного базальтового стекла 16r5113 16r5113 поток лавы магматические: Экструзивно —
это исследование подводного базальтового стекла 17r1026 17r1026 поток лавы магматические: экструзивных
.
.
.

Правильно отформатированные таблицы магических данных могут быть собраны в подходящий текстовый файл загрузки с помощью программы upload_magic.py который считывает все магические таблицы в данном каталоге и объединяет их вместе. Как в приведенном выше примере. Вы можете вызвать upload_magic.py в командной строке или вызовите его в графическом интерфейсе Pmag. upload_magic.py создает файл вклада. Который можно загрузить в базу данных MagIC. Если вы используете PmagPy для создания загружаемого файла, upload_magic.py у него есть несколько изящных трюков с распространением данных из одной таблицы в другую. Удалением ненужных столбцов и так далее.

Часть Не обязательно. Но полезно немного разбираться в компьютерных операционных системах и языке Python при использовании PmagPy. Потому что никто не должен использовать программы в качестве черных ящиков. Не понимая. Что они делают. Поскольку все программы имеют открытый исходный код. У вас есть возможность заглянуть в них. Если вы немного разбираетесь в том. Как работают компьютеры. Вы сможете следить за тем. Что делают программы. И даже изменять их. Чтобы они работали лучше для вас. В этой главе вы найдете краткое введение в компьютерные навыки. Необходимые для правильного использования программ. Мы попытались сделать эту учебную операционную систему независимой. Все примеры должны одинаково хорошо работать на операционных системах Mac OS. Windows и Unix. Для более полного объяснения чудесного мира UNIX. Обратитесь к веб-сайту по адресу http://www.tutorialspoint.com/unix/unix-quick-guide.htm. Для получения удобных трюков в DOS попробуйте эту ссылку: http://www.c3scripts.com/tutorials/msdos. Введение в программирование на Python см. в главе Программированиена Python . На данный момент мы заинтересованы в том. Чтобы иметь навыки поиска командной строки и навигации по файловой системе. Чтобы начать работу с PmagPy.

7.1 Поиск командной строки

Если вы не используете Unix-подобный компьютер (*NIX). То, возможно. Никогда не сталкивались с командной строкой. Использование любой из программ командной строки требует доступа к командной строке. Если вы используете операционную систему macOS. Найдите приложение Терминала в папке Utilities в папке Applications. Когда приложение Терминала будет запущено. Вы получите окно терминала. Оболочка Bash Unix (и macOS) имеет знак $ в качестве приглашения. Другие оболочки имеют другие подсказки командной строки. Такие как устаревшая Tauxe (не спрашивайте). Который имеет подсказку%. Которая используется в приведенных здесь примерах.

ФИЛЬМ

В операционной системе Windows вы можете найти свою командную строку. Выполнив поиск приложения “Командная строка”.

ФИЛЬМ

Обратите внимание. Что расположение этой программы варьируется на разных компьютерах. Поэтому вам, возможно. Придется немного поохотиться. Чтобы найти свою. Кроме того, фактическая “подсказка” будет отличаться для разных машин.

7.2 Файловые системы

Когда вы впервые открываете окно терминала. Вы находитесь в своем “домашнем” каталоге. Фундаментальной для всех операционных систем является концепция каталогов и файлов. В операционных системах на базе Windows (macOS или Windows) каталоги изображаются как “папки”. А перемещение осуществляется щелчком по различным значкам. В мире терминальных окон каталоги имеют имена и расположены в иерархической последовательности. Причем верхний каталог является “корневым” каталогом. Известным как “/” (или C:\ в Windows). А файловая система выглядит примерно так:

ФИЛЬМ

В корневом каталоге есть подкаталоги (например, Приложения и Пользователи выделены жирным шрифтом). В любом каталоге также могут быть “файлы” (например, dir_cart_example.dat). Чтобы ссылаться на каталоги. Операционная система использует так называемый “путь”. У каждого объекта есть “абсолютный” путь. Который действителен из любой точки компьютера. Абсолютный путь в *NIX всегда начинается с корневого каталога/, а в DOS (операционной системе. Работающей в окне командной строки Windows) — C:\.

Абсолютный путь к домашнему каталогу lisa на рисунке — /Users/lisa. Аналогично, абсолютным путем к каталогу. Содержащему сценарии PmagPy. Будет /Users/lisa/PmagPy. Существует также “относительное” имя пути. Которое относится к текущему каталогу (тому. В котором вы Если пользователь “lisa” находится в своем домашнем каталоге. Относительным путем к файлу dir_cart_example.dat в каталоге data_files будет data_files/dir_cart/dir_cart_example.dat. При использовании относительных путей полезно помнить. Что ./ относится к текущему каталогу, а .. / — к каталогу “выше”. Кроме того, домашний каталог лизы будет lisa. Или если вы сами вошли в систему как лиза. То это просто .

7.3 Перемещение в файловой системе

Теперь, когда вы нашли свою командную строку и удобно расположились в домашнем каталоге. Вы можете просмотреть содержимое своего каталога с помощью команды Unix ls или команды DOS dir. Вы можете создать новый каталог с помощью команды

% mkdir NEW_DIRECTORY_NAME

Эта команда работает как в Unix. Так и в DOS средах) и вы можете перейти в новый каталог с помощью команды

% cd NEW_DIRECTORY_NAME

Чтобы вернуться обратно в домашний каталог. Просто наберите cd .. помня об этом .. ссылается на вышеприведенный каталог. Кроме того, компакт-диск сам по себе перенесет вас домой из любого места. Где бы вы ни находились (нет такого места. Как дом…). Вы также можете перейти в любой произвольный каталог. Указав полный путь к целевому каталогу.

7.4 Перенаправление входных и выходных данных

Программы, работающие на уровне командной строки. Выводят вывод на экран и считывают ввод с клавиатуры. Это известно как “стандартный ввод и вывод” или “стандартный ввод-вывод”. Одна из самых приятных вещей в работе на уровне командной строки-это возможность перенаправлять ввод и вывод. Например, вместо ввода ввода в программу с клавиатуры. Он может быть прочитан из файла с помощью символа . Вывод может быть напечатан на экран (стандартный вывод). Перенаправлен в файл с помощью символа >>, приложенного к концу файла с >>> или используется в качестве ввода в другую программу с оператором трубы (|).

7.5 Текстовые редакторы

Существует много способов редактирования текста. И тема выходит за рамки этой документации. Редактирование текста — это благословение и проклятие. Вы либо любите его. Либо ненавидите. И в самом начале. И если вы привыкли к таким программам. Как Word. Выезусловно. Возненавидите его. (И если вы привыкли к приличному текстовому редактору. Вы будете ненавидеть слово!). Но вы не можете использовать Word. Потому что выходные данные находятся в странном формате. Который ни один скриптовый язык не может легко прочитать. Таким образом. Вы должны использовать текстовый редактор. Который будет создавать обычный (ascii) файл. Такой как Notepad. TextWrangler. Sublime Text или Atom. TextWrangler является бесплатным программным обеспечением. Доступным для Mac. Блокнот входит в стандартную комплектацию операционной системы Windows. А текстовый редактор Atom-это бесплатный кросс-платформенный вариант с большим количеством доступных пакетов. Расширяющих его функциональность.

Есть много ресурсов для изучения Python. Но Python Lisa Tauxe’s For Earth Science Students даст вам хорошую основу в программировании Python с геологическими приложениями. Курс охватывает основы Python. Записные книжки Jupyter. А также построение и анализ с помощью научных библиотек Python. Весь курс находится в свободном доступе в репозитории Github. Он состоит из интерактивной серии лекций в виде блокнотов Jupyter.

Чтобы начать работу. Вам нужно будет установить Python. Затем загрузите git и следуйте инструкциям по установке. Если вы не знаете. Установлен ли у вас git. Просто введите git в командной строке и посмотрите. Появится ли сообщение справки.

  1. Установка Python
  2. Скачать git
  3. Откройте командную строку
  4. Клонирование записной книжки respoitory:

     
    клон git
     
    https://github.com/ltauxe/Python-for-Earth-Science-Students.git cd Python-for-Earth-Science-Students
     
    jupyter notebook

Откроется окно браузера со списком записных книжек. Нажмите на лекцию 1, которая рассматривает курс и учит вас. Как работать с записными книжками. Оттуда вы можете следить за лекциями по порядку или выбирать в зависимости от ваших интересов. Python очень весело — наслаждайтесь!

NB: Для получения информации. Относящейся к Anaconda, см. Эту удобную шпаргалку с информацией о том. Как устанавливать и обновлять пакеты Python. А также создавать пользовательские среды Python и многое другое.

Анализ данных в Python выигрывает от все более надежной экосистемы пакетов для научных вычислений и построения графиков. Блокнот Jupyter — один из таких инструментов. Он получил широкое распространение для проведения и представления анализа данных. Jupyter опирается на проект IPython , который начался как способ повысить интерактивность анализа данных в Python (Pérez & Granger, 2007) и эволюционировала. Включив в себя интерактивную среду ноутбука. Которая стремится обеспечить полную траекторию научных вычислений от первоначального анализа и визуализации до совместной работы и вплоть до публикации. Проект расширился. Чтобы обеспечить воспроизводимую интерактивную вычислительную среду для многих других языков программирования (таких как R и Julia). А языковые агностические части его архитектуры недавно были переименованы в Project Jupyter (http://jupyter.org). Записные книжки Jupyter позволяют исполняемому коду. Результатам. Тексту и графическому выходу когерентно сосуществовать в одном документе. С помощью этих комбинированных компонентов они являются отличными инструментами как для проведения анализа данных. Так и для представления результатов.

Чтобы показать некоторые возможности анализа данных с помощью PmagPy в среде ноутбуков. Мы создали примеры ноутбуков. Доступных для загрузки из этого репозитория: https://github.com/PmagPy/2016_Tauxe-et-al_PmagPy_Notebooks. Эти записные книжки также можно рассматривать как статические веб-страницы здесь: http://pmagpy.github.io/Example_PmagPy_Notebook.html и http://pmagpy.github.io/Additional_PmagPy_Examples.html.

Основной пример блокнота (Example_PmagPy_Notebook.ipynb) объединяет данные двух различных исследований для разработки среднего палеомагнитного полюса из верхней части последовательности вулканов Североамериканского срединноконтинентального рифта (Halls, 1974; Swanson-Hysell et al., 2014). Два файла данных. Используемые в ноутбуке. Можно загрузить из базы данных MagIC. Опция поиска цифрового идентификатора объекта (doi) позволяет легко находить файлы данных как https://earthref.org/MagIC/doi/10.1139/e74-113/ и https://earthref.org/MagIC/doi/10.1002/2013GC005180/ Загрузка этих файлов данных из базы данных и размещение их в папках локального

В приведенном примере записной книжки эти данные распаковываются в соответствующие им файлы данных с разделителями табуляции Magic formatted. Затем данные загружаются в фреймы данных и фильтруются с использованием нескольких различных критериев (стратиграфическая высота и полярность). Несколько функций от ipmag модуль используется для составления прогнозов равной площади и расчета статистических данных. В дополнение к объединению наборов данных для вычисления среднего полюса код в записной книжке проводит тест bootstrap fold на данных с использованием подхода Tauxe & Watson (1994), а также общий средний тест. Рекомбинации данных и вычисления. Выполненные в этой записной книжке. Являются примерами частей рабочего процесса анализа данных. Которые часто трудно документировать и воспроизводить. Приведенные примеры иллюстрируют небольшой потенциал использования блокнотов для обработки данных и анализа палеомагнитных данных. Дополнительная функциональность. Доступная в PmagPy. Демонстрируется в дополнительном PmagPy примеры записной книжки (Additional_PmagPy_Examples.ipynb) в виде небольших виньеток кода примера. В качестве примеров приведены функции. Связанные с анализом палеомагнитных и горных магнитных данных. Ноутбук также иллюстрирует некоторую интерактивность. Которую можно встроить в ноутбук с помощью виджетов IPython.

Если вы хотите запустить пример ноутбука в интерактивном режиме. Вам нужно будет выполнить следующие действия:

  1. Установите Python и PmagPy
  2. Скачать git
  3. Откройте командную строку
  4. Клонирование хранилища записных книжек:

     
    мерзавец клон https://github.com/PmagPy/2016_Tauxe-et-al_PmagPy_Notebooks
     
    cd 2016_Tauxe-et-al_PmagPy_Notebooks
     
    jupyter notebook

Это откроет локальный сервер IPython в вашем веб-браузере по умолчанию. Нажмите на пример_PmagPy_notebook.ipynb позволяет открыть и отредактировать основной примерный блокнот. Вы увидите что-то вроде этого:

ФИЛЬМ

Записные книжки строятся как ряд Чтобы просмотреть Чтобы отрисовать его. Нажмите на кнопку Аналогично. Чтобы запустить код в ячейке кода. Нажмите на ячейку. А затем кнопку Чтобы выполнить весь блокнот. Нажмите на кнопку

Теперь вы готовы взглянуть на некоторые данные. В блоке кода под заголовком , загруженного и распакованного из базы данных MagIC. В блокноте показано . Как читать данные в фрейм данных pandasи строить направления на проекции равной площади:

ФИЛЬМ

Есть несколько других трюков. Показанных в блокноте. Которых должно быть достаточно. Чтобы вы начали использовать ipmag в среде Python notebook. Проведение анализа данных с использованием PmagPy в записной книжке позволяет получить базовый код статистических тестов и прозрачно представить решения. Принятые в конкретной реализации таких тестов.

Хотя в Python можно сделать гораздо больше. Эта документация направлена на получение и использование PmagPy, так что это все для этой главы. Поздравляю, если вы дошли до конца!

10.1 Проблемы с установкой Python

Во-первых, пожалуйста, проверьте. Что вы успешно установили правильный дистрибутив Python.

Найдите свою командную строку (Терминал для пользователей Mac. Командная строка для пользователей Windows) и введите python. Вы должны увидеть что-то вроде этого:

$ python
Python 3.6.0 |Anaconda 4.3.1 (x86_64)| (по умолчанию, Dec 23 2016, 13:19:00)
[GCC 4.2.1 Совместимый Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.57)] на darwin
Введите «help». «copyright». «credits» или «license» для получения дополнительной информации.

Если вы получаете сообщение об ошибке. Или вы не видите “Anaconda” в исходном сообщении. Вы должны вернуться к разделу Установка Python и следовать инструкциям там.

10.2 wxPython не установлен

Если у вас есть только основные пакеты. Установленные с дистрибутивом Anaconda (плюс пакет PmagPy. Который вы только что установили). Вы можете получить следующий importerr при попытке выполнить “eqarea.py -ч”:

ImportError: Нет модуля с именем wx

Чтобы исправить эту ошибку. Просто выполните в командной строке:

pip install —upgrade -f https://wxpython.org/Phoenix/snapshot-builds/ wxPython

10.3 Устранение неполадок при установке pip

Если вы установили программу с помощью pip но при попытке запустить программу у вас появляется это сообщение об ошибке или что то подобное:

-баш: eqarea.py: команда не найдена

Убедитесь. Что вы используете правильную команду для вашей операционной системы и установки PmagPy.

После того, как у вас есть правильная команда. Если вы все еще видите это сообщение об ошибке, это. Вероятно, означает. Что вы не правильно установили PmagPy. В командной строке попробуйте:

список пунктов

Вы должны увидеть как pmagpy-(version_number). Так и pmagpy-cli-(version_number) в этом списке. Если вы их не видите. Продолжайте установку:

pip install —upgrade —force-reinstall —no-cache-dir —no-deps pmagpy
pip install —upgrade —force-reinstall —no-cache-dir —no-deps pmagpy-cli

Полная деинсталляция и переустановка иногда могут устранить и другие проблемы!

10.4 Устранение неполадок установки разработчика

Для получения дополнительной информации об установке разработчика вы можете запустить:

dev_setup.py -ч

Вы также можете проверить конкретные инструкции по установке.

Для пользователей Mac с установкой разработчика вполне возможно. Что вам нужно сделать скрипты python исполняемыми. В командной строке каталога PmagPy/programs выполните команду: chmod a+x *.py

10.4.1 ПУТЬ для Windows

Если вы пытаетесь заставить установку разработчика работать в Windows и хотите установить/проверить свой $PATH вручную, см. Более подробную информацию о добавлении PmagPy в ваш $PATH можно найти здесь.

10.4.2 ПУТЬ для OSX или Linux

Вы можете проверить правильно ли задан ваш ПУТЬ с помощью этой команды:

 
echo $PATH

Если вы не видите PmagPy. PmagPy/programs и PmagPy/programs/conversion_scripts где-то в выходных данных, значит. Вы не успешно завершили установку разработчика.

Если по какой-то причине вам нужно добавить PmagPy в ваш $PATH вручную. Вы можете найти более общую информацию о настройке $PATH здесь, а конкретную информацию о добавлении PmagPy в ваш $PATH здесь.

10.5 Языки, отличные от английского

Если ваш компьютер использует несколько языков или язык. Отличный от английского. Вы можете получить сообщение об ошибке. Подобное этому:

 
Файл‘/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.4.3348.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/lib/python2.7/contextlib.py’, строка 17, В __ввод__
вернуться самостоятельно.ген.следующий()
файл ‘/пользователи/***/Library/Enthought/Canopy_64bit/User/lib/python2.7/site-packages/matplotlib/__init__.py’, линия 1000, в _open_file_or_url
кодировка = язык.getdefaultlocale()[1]
файл‘/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.4.3348.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/lib/python2.7/locale.py’, строка 543, в getdefaultlocale
вернуться _parse_localename(localename)
Файл‘/Applications/Canopy.app/appdata/canopy-1.7.4.3348.macosx-x86_64/Canopy.app/Contents/lib/python2.7/locale.py’, строка 475, в _parse_localename
raise ValueError. ’unknown locale: %s’ % localename
ValueError: unknown locale: UTF-8
  

Пользователи Mac могут исправить это. Открыв файл .bashrc и добавив эти строки:

экспорт LC_ALL=en_US.UTF-8
экспорт LANG=en_US.UTF-8
  

10.6 Ошибка загрузки библиотек DLL (только для Python/Windows)

Некоторые модули. Используемые в PmagPy. Имеют зависимости. Которые не вызываются напрямую. Если у вас отсутствует одна из этих зависимостей. Программы могут выйти из строя странным образом. В общем, стоит открыть Canopy. Зайти в менеджер пакетов и обновить все пакеты. Более конкретно. Если вы видите такое сообщение об ошибке:

ImportError: Ошибка загрузки DLL: Указанная процедура не может быть найдена

возможно, вам не хватает пакета MKL. Откройте Canopy. Перейдите в диспетчер пакетов и выберите пункт “Доступные пакеты”. Прокрутите вниз до MKL и установите его. Это должно решить проблему! Обратите внимание. Что пользователи Windows. У которых возникли проблемы с открытием одного из графических интерфейсов. Должны попробовать это решение независимо от того. Действительно ли они видят это сообщение об ошибке.

10.7 Проблема с зависимостью PmagPy

PmagPy зависит от множества пакетов Python. Иногда вы столкнетесь с проблемами. Если у вас есть неправильная версия зависимости. В этих случаях вы можете получить ImportError или SyntaxError. Вы можете проверить список правильных зависимостей на Github.

Вы можете увидеть. Какие версии пакетов вы запускаете. Используя команду “conda list” (или “pip list”. Если у вас есть питон не Anaconda). Затем вы можете сравнить с нашим списком и при необходимости обновить или понизить его. Например: “conda install pandas=0.24.2”.

10.8 Проблемы с конкретной программой

10.8.1 Сбой auto_interpreter с ошибкой сегментации (на Mac).

NB: Это больше не должно быть проблемой с matplotlib 2.0 и выше.

  • Эта ошибка вызвана проблемой версии с одной из зависимостей PmagPy. Matplotlib. Есть два способа решить эту проблему.
  • Рекомендуется: обновить matplotlib с помощью команды “conda upgrade matplotlib”
  • Альтернатива: загрузите и используйте автономный дистрибутив Pmag GUI для доступа к GUI Thellier.

10.9 Неправильный Python в Jupyter notebook

Если ваш ноутбук jupyter вызывает неправильную версию python (то есть использует версию OSX python вместо Anaconda python). Сделайте следующее:

unlink /usr/local/bin/python
ln -s /Users/USERNAME/anaconda3/bin/python /usr/local/bin/python

а это:

unlink /usr/local/bin/pythonw
ln -s /Users/USERNAME/anaconda3/bin/pythonw /usr/local/bin/pythonw

где USERNAME — ваше имя пользователя.

10.10 Создание карт (Базовая карта против картопии)

В прошлом PmagPy использовал базовую карту для всех функций построения карт. Базовая карта больше не разрабатывается. Поэтому мы перешли на картопию. Мы настоятельно рекомендуем всем новичкам просто следовать обычным инструкциям по установке. Которые включают установку cartopy. Однако, если вам нужно использовать базовую карту. Вы все еще можете установить ее:

 
conda install —channel conda-forge basemap basemap-data-hire

Затем установите файлы данных с высоким разрешением:

install_etopo.py

По умолчанию все функции pmagplotlib/ipmag теперь будут использовать картографию. Если вам нужна старая версия базовой карты. То были сохранены следующие функции:

pmagplotlib.plot_map_basemap
pmagplotlib.plot_mag_map_basemap
ipmag.plot_pole_basemap
ipmag.plot_vgp_basemap

Чтобы использовать самую последнюю базовую карту. Вам нужно будет запустить ее в conda env. В противном случае вы получите KeyError и/или FileNotFoundError. В этой статье объясняется. Как создать и запустить conda env.

Все это означает: вы все еще можете использовать Базовую карту. Ноожалуйста. Просто используйте вместо нее картографию.

10.11 Другие проблемы

Сообщите о проблеме . Не перечисленной выше, на Githubили по электронной почте ltauxe@ucsd.edu. Пожалуйста, включите следующую информацию: 1) версия PmagPy. Которую вы используете, 2) ваша операционная система, 3) любые сообщения об ошибках, которые вы получили, 4) файл данных. Который создает проблемы. Если это уместно.

    Холлс, Х. К. (1974). Палеомагнитный переворот в вулканической группе Ослера. Северное озеро Верхнее. Can. J. Earth Sci., 11, (стр.

    Paterson, G., Tauxe, L., Biggin, A., Shaar, R., & Jonestrask, L. (2014). О совершенствовании отбора палеоинтенсивных данных типа Тельца. Геохим. Геофизика. Геосис., 15.

    Pérez, F. & Granger, B. (2007). IPython: система интерактивных научных вычислений. Вычислительная техника в науке и технике, 9, 21-29.

    Shaar, R., Ron, H., Tauxe, L., Kessel, R., Agnon, A., Ben Yosef, E., & Feinberg, J. (2010). Проверка точности оценок абсолютной напряженности древнего геомагнитного поля с использованием медного шлакового материала. Письма о Земле и планетологии, 290, 201-213.

    Shaar, R. & Tauxe, L. (2013). Thellier_gui: Интегрированный инструмент для анализа данных палеоинтенсивности экспериментов типа thellier. Геохим. Геофизика. Геосис., 14.

   Swanson-Hysell, N. L.. A. A. Vaughan. M. R. Mustain и K. E. Asp. Подтверждение прогрессивного движения плит во время ранней магматической стадии Мидконтинентального рифта из вулканической группы Ослера. Онтарио, Канада. Геохим., Геофизика, Геосистема , 15, 2039-2047, 2014.

    Tauxe, L. (1998). Палеомагнитные принципы и практика. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.

    Tauxe, L., Banerjee, S. K., Butler, R., & van der Voo, R. (2010). Основы палеомагнетизма. Berkeley: University of California Press.

    Tauxe, L., Bertram, H., & Seberino, C. (2002). Физическая интерпретация петель гистерезиса: Микромагнитное моделирование тонкодисперсного магнетита. Geochem., Geophys.. Geosyst., 3, DOI 10.1029/ 2001GC000280.

    Tauxe, L., Constable, C., Johnson, C., Miller, W., & Staudigel, H. (2003). Палеомагнетизм юго-западной части США зафиксирован магматическими породами 0-5 млн лет. Geochem., Geophys.. Geosyst., (pp. DOI 10.1029/2002GC000343).

    Tauxe, L., Luskin, C., Selkin, P., Gans, P. B., & Calvert, A. (2004). Палеомагнитные результаты с равнины змеиной реки: вклад в глобальную базу данных усредненных по времени полей. Geochem., Geophys.. Geosyst., Q08H13, doi:10.1029/2003GC000661.

    Tauxe, L. & Staudigel, H. (2004). Напряженность геомагнитного поля в меловом нормальном суперхроне: Новые данные по подводному базальтовому стеклу офиолита троодоса. Геохем. Геофизика. Geosyst., 5(2), Q02H06, doi:10.1029/2003GC000635.

    Tauxe, L. & Watson. G. S. (1994). Тест складки: подход к собственному анализу. Планета Земля. Sci. Lett., 122, 331-341.